我用Gromacs验证对接结果，模拟的氢键不满足要求，怎么解

计算小菜鸡 · 发表于 Post on 2020-9-30 10:33:26

就是用vina对接后的结果，算出比如说有3个氢键，就一个满足gromacs的distance<=0.35,angle<30,可能就一个氢键，然后一算还不合适，合适的全是O-H......OD1这种，NH-H.....O这种都不合适咋办，是不是算法有啥问题，求各位大佬解答

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-10 00:54:43

计算小菜鸡发表于 2020-10-6 17:05
社长，请问一下，MMPBSA用到的tpr文件和xtc文件都是MD生成的吗？

是

计算小菜鸡 · 发表于 Post on 2020-10-6 17:05:36

sobereva 发表于 2020-10-2 12:58
跑MD，如果最终配体能稳定呆住就说明当前复合结构有意义。如果想从能量角度判断结合是否稳固，可以用MMPB ...

社长，请问一下，MMPBSA用到的tpr文件和xtc文件都是MD生成的吗？

计算小菜鸡 · 发表于 Post on 2020-10-6 11:30:12

sobereva 发表于 2020-10-2 12:58
跑MD，如果最终配体能稳定呆住就说明当前复合结构有意义。如果想从能量角度判断结合是否稳固，可以用MMPB ...

sob社长，做MMPBSA时候，总共10ns,取多少帧的结果比较好

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-2 12:58:44

计算小菜鸡发表于 2020-9-30 20:23
谢谢社长，下次改正，想问一下，gromacs验证对接结果，通常就是计算模拟出来的哪些数据比较好，请大佬指 ...

跑MD，如果最终配体能稳定呆住就说明当前复合结构有意义。如果想从能量角度判断结合是否稳固，可以用MMPBSA之类方法算结合自由能。

计算小菜鸡 · 发表于 Post on 2020-9-30 20:23:12

sobereva 发表于 2020-9-30 16:45
标题别写“急急急！”这种无意义的信息，还显得很浮躁。给你去掉了

别直接拿对接完的粗糙结构说事，应当 ...

谢谢社长，下次改正，想问一下，gromacs验证对接结果，通常就是计算模拟出来的哪些数据比较好，请大佬指教

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-30 16:45:08

标题别写“急急急！”这种无意义的信息，还显得很浮躁。给你去掉了

别直接拿对接完的粗糙结构说事，应当跑MD，对已经平衡的阶段的氢键情况进行统计

wyb · 发表于 Post on 2020-9-30 13:49:21

另外你对比一下两个软件对于氢键的定义是否一致

wyb · 发表于 Post on 2020-9-30 13:47:54

MD比较准

计算小菜鸡 · 发表于 Post on 2020-9-30 11:54:47

wyb 发表于 2020-9-30 10:50
这很正常呀，对接就是个粗略的结果，MD后小分子会动，蛋白也会动，氢键没有了也就不奇怪了呀

举个例子，就是图中的三个氢键有两个不符合gromacs的氢键标准，咋办

计算小菜鸡 · 发表于 Post on 2020-9-30 11:49:42

wyb 发表于 2020-9-30 10:50
这很正常呀，对接就是个粗略的结果，MD后小分子会动，蛋白也会动，氢键没有了也就不奇怪了呀

有，但是键距过长，不符合啦，咋弄，那个比较准，老哥

wyb · 发表于 Post on 2020-9-30 10:50:36

这很正常呀，对接就是个粗略的结果，MD后小分子会动，蛋白也会动，氢键没有了也就不奇怪了呀

计算小菜鸡 · 发表于 Post on 2020-9-30 10:43:25

wyb 发表于 2020-9-30 10:39
不合适是什么意思？看不懂你的问题

不满足gromacs对接氢键的要求，就是上述那个标准

wyb · 发表于 Post on 2020-9-30 10:39:33

不合适是什么意思？看不懂你的问题

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