做能量最小化遇到这样的问题，请问是怎么回事呢？

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-9-30 20:02:47

我的体系是无机盐，糖类聚合物还有水
做能量最小化出现这样的note：
em.mdp did not specify a value for the .mdp option "cutoff-scheme".
  Probably it was first intended for use with GROMACS before 4.6. In 4.6,
  the Verlet scheme was introduced, but the group scheme was still the
  default. The default is now the Verlet scheme, so you will observe
  different behaviour

这是我的mdp

define                = -DFLEXIBLE
integrator             = steep ;
emtol                   = 500.0 ;
emstep                = 0.02 ;
nsteps                = 50000 ;
ns-type                = grid  ;
rlist                      = 1.20  ;
coulombtype             = PME    ;
rcoulomb                = 1.20    ;
rvdw                   = 1.20 ;
pbc                   = xyz ;
请问，这个note会影响结果吗？

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-10-7 22:09:10

sobereva 发表于 2020-10-4 15:06
是-DPORSE
是

谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-4 15:06:11

努力向上的boy 发表于 2020-10-2 20:29
谢谢老师，如果，如define=-DFLEXIBLE改为define=-DEPORSE，除了刚性水改为了柔性水，然后对你设定的聚合 ...

是-DPORSE
是

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-10-2 20:29:07

sobereva 发表于 2020-10-1 02:04
没影响。当前没指定生成邻居列表的方式，默认用了verlet

谢谢老师，如果，如define=-DFLEXIBLE改为define=-DEPORSE，除了刚性水改为了柔性水，然后对你设定的聚合物进行了位置限定，其他的是不是没有影响，结果一样吗？

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-10-2 20:03:31

eagletyr 发表于 2020-10-1 17:43
没影响，如果你不想再看这个note，就在.mdp里加上cutoff-scheme = Verlet

好的，谢谢您。

eagletyr · 发表于 Post on 2020-10-1 17:43:09

没影响，如果你不想再看这个note，就在.mdp里加上cutoff-scheme = Verlet

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-1 02:04:21

没影响。当前没指定生成邻居列表的方式，默认用了verlet

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