请教关于charmm力场关于范德华校正的问题？

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-9-30 20:09:07

用的是charmm36的糖类力场，在自己的体系中有无机盐，有水和聚合物，整个体系盒子是装满的，charmm力场里面在mdp中要求Dispcorr = no ,如果盒子是装满的，也不需要设置为Enerpres吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-10 01:22:18

wuzhiyi 发表于 2020-10-5 22:15
Gromacs的charmm立场指南里写

对于这个说法我持一定怀疑态度，原因不够明确

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-10-7 22:03:27

wuzhiyi 发表于 2020-10-5 22:15
Gromacs的charmm立场指南里写

谢谢这个指出了磷脂，但是没有说别的可以不？

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-10-7 22:02:36

sobereva 发表于 2020-10-4 15:07
在你用的力场原文里搜correction，看原文当时参数化的时候怎么用的，没提就别用。CHARMM36模拟磷脂（无论 ...

谢谢卢老师

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-10-5 22:15:10

sobereva 发表于 2020-10-4 15:07
在你用的力场原文里搜correction，看原文当时参数化的时候怎么用的，没提就别用。CHARMM36模拟磷脂（无论 ...

Gromacs的charmm立场指南里写

Note that dispersion correction should be applied in the case of lipid monolayers, but not bilayers.

http://www.gromacs.org/Documenta ... g#:~:text=CHARMM%20(Chemistry%20at%20HARvard%20Macromolecular,CHARMM27%2C%20CHARMM36)%20force%20fields.

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-4 15:07:05

努力向上的boy 发表于 2020-10-2 20:36
谢谢老师，是除了磷脂单层，其他的像蛋白，糖类这些，无论盒子是否填满都设为no是吧？

在你用的力场原文里搜correction，看原文当时参数化的时候怎么用的，没提就别用。CHARMM36模拟磷脂（无论单层还是双层）是肯定不用色散校正，其原文J. Phys. Chem. B, 114, 7830 (2010)明确说了。

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-10-2 20:36:19

sobereva 发表于 2020-10-1 02:07
不设

谢谢老师，是除了磷脂单层，其他的像蛋白，糖类这些，无论盒子是否填满都设为no是吧？

努力向上的boy · 发表于 Post on 2020-10-2 20:32:38

wuzhiyi 发表于 2020-9-30 21:44
只说了单磷脂膜用Dispcorr = no吧

说的是单磷脂用，双的不用吧？并没有说糖类或者提起的可以不？

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-1 02:07:47

不设

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-9-30 21:44:53

只说了单磷脂膜用Dispcorr = no吧

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