计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 15562|回复 Reply: 19
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 进行完真空的动力学模拟后,为什么聚合物链沿轴的方向发生改变?

[复制链接 Copy URL]

129

帖子

0

威望

551

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
建立的聚合物的模型聚合度的方向是沿z轴的,但是进行真空下的npt动力学模拟后,聚合度的方向沿z轴变成了x轴,请问初始状态聚合物链的轴向有特定的要求吗?

129

帖子

0

威望

551

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

20#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-16 10:00:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-15 21:17
我主要想问你的聚合物链在垂直于链长的方向上是密集堆积的还是有显著的空隙的(比如链间距离大于5埃)。 ...

有空隙的,有周期性边界条件

1万

帖子

0

威望

9868

eV
积分
22108

Level 6 (一方通行)

19#
发表于 Post on 2020-10-15 21:17:13 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2020-10-15 18:59
我的是几条链,我想描述他们在这种条件下的构型

我主要想问你的聚合物链在垂直于链长的方向上是密集堆积的还是有显著的空隙的(比如链间距离大于5埃)。这两种情况完全不一样。
另外你有没有用周期性边界条件?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

129

帖子

0

威望

551

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

18#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-15 19:04:33 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2020-10-15 16:51
都真空了哪还有压力问题……你好好想想压力和真空是不是有点矛盾
NPT下面就是聚合物体系呗,你想描述啥 ...

我可以理解为nvt下的单纯的聚合物模拟就是真空模拟吗?npt下的只有聚合物的模拟,是在一定条件下的纯聚合物的模拟?

129

帖子

0

威望

551

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

17#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-15 18:59:45 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-15 17:13
取决于你想模拟真空中的体相聚合物还是真空中孤零零漂浮着的一条聚合物链

我的是几条链,我想描述他们在这种条件下的构型

1万

帖子

0

威望

9868

eV
积分
22108

Level 6 (一方通行)

16#
发表于 Post on 2020-10-15 17:13:18 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2020-10-15 15:34
谢谢,那我要是在nvt下进行,模拟真空,mdp怎么设置呢?这个就不能很好的控制压力了吧

取决于你想模拟真空中的体相聚合物还是真空中孤零零漂浮着的一条聚合物链
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

561

帖子

0

威望

3410

eV
积分
3971

Level 5 (御坂)

15#
发表于 Post on 2020-10-15 16:51:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 k64_cc 于 2020-10-15 16:52 编辑
努力向上的boy 发表于 2020-10-15 15:34
谢谢,那我要是在nvt下进行,模拟真空,mdp怎么设置呢?这个就不能很好的控制压力了吧

都真空了哪还有压力问题……你好好想想压力和真空是不是有点矛盾
NPT下面就是聚合物体系呗,你想描述啥?

129

帖子

0

威望

551

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-15 15:34:37 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-11 10:38
关键是真空下压强为0,所以NPT的P很难控制。他的意思可能是怀疑你是NVT

谢谢,那我要是在nvt下进行,模拟真空,mdp怎么设置呢?这个就不能很好的控制压力了吧

129

帖子

0

威望

551

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-15 15:33:32 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2020-10-12 09:00
你这是纯聚合物相……真空只能NVT或者做noPBC

好的谢谢,我的表述出现了问题,那这种情况下是称为纯聚合物体系吗?剩余的盒子里面怎么描述?

129

帖子

0

威望

551

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-15 15:28:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-13 06:35
没必要。除非用的一些分析工具在满足这个条件下用起来比较方便
没不良影响

谢谢老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2020-10-13 06:35:27 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2020-10-12 10:08
谢谢老师,我看有的地方把聚合方向先调成x轴,利用平行x轴后的gro文件在进行模拟计算。有这个必要吗?
...

没必要。除非用的一些分析工具在满足这个条件下用起来比较方便
没不良影响
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

129

帖子

0

威望

551

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-12 10:08:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-10 21:25
热运动势必造成自发旋转。哪怕初速度把旋转分量投影掉了,由于模拟过程中受力计算误差累计,照样之后也可能 ...

谢谢老师,我看有的地方把聚合方向先调成x轴,利用平行x轴后的gro文件在进行模拟计算。有这个必要吗?
请问老师如果消除平动和转动对实验结果有影响吗?

561

帖子

0

威望

3410

eV
积分
3971

Level 5 (御坂)

9#
发表于 Post on 2020-10-12 09:00:43 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2020-10-12 08:51
是在npt系综下,没有加任何溶剂,只有聚合物的条件下进行的模拟。

你这是纯聚合物相……真空只能NVT或者做noPBC

129

帖子

0

威望

551

eV
积分
680

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-12 08:51:06 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-10-11 10:38
关键是真空下压强为0,所以NPT的P很难控制。他的意思可能是怀疑你是NVT

是在npt系综下,没有加任何溶剂,只有聚合物的条件下进行的模拟。

1万

帖子

0

威望

9868

eV
积分
22108

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2020-10-11 10:38:59 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2020-10-10 20:51
是的,没有用溶剂,只有聚合物,这应该是真空吧?

关键是真空下压强为0,所以NPT的P很难控制。他的意思可能是怀疑你是NVT
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 02:26 , Processed in 2.034847 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list