计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 13312|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] gromacs进行MD完成之后,去除周期性,rmsd的结果还是上下跳动,如何解决

[复制链接 Copy URL]

39

帖子

0

威望

113

eV
积分
152

Level 3 能力者

gromacs进行MD完成之后,去除周期性,rmsd的结果还是上下跳动,如何解决
去除周期性命令gmx trjconv -s md_0_10.tpr -f md_0_10.xtc -o md_0_10_center.xtc -center -pbc mol -ur compact
设置盒子gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro -bt dodecahedron -d 1.0
到底哪里出现了问题,望各位老师解答

屏幕截图 2020-10-22 114110.png (21.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 55)

屏幕截图 2020-10-22 114110.png

44

帖子

0

威望

375

eV
积分
419

Level 3 能力者

8#
发表于 Post on 2025-6-3 15:57:18 | 只看该作者 Only view this author
猛虎下山嗷嗷嗷 发表于 2023-9-11 15:15
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****

楼主解决这个问题了吗?加入以后rmsd可以了吗?

3

帖子

0

威望

23

eV
积分
26

Level 2 能力者

7#
发表于 Post on 2023-9-11 15:15:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-10 21:41


这种问题自己看手册便知

好滴,谢谢sob老师。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2023-9-10 21:41:00 | 只看该作者 Only view this author
猛虎下山嗷嗷嗷 发表于 2023-9-10 21:15
想请教一下sob老师,这个是在md.mdp中修改嘛?具体要加在哪行嘛?



这种问题自己看手册便知
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

3

帖子

0

威望

23

eV
积分
26

Level 2 能力者

5#
发表于 Post on 2023-9-10 21:15:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-24 10:07
comm-grps  = protein
comm-mode  = angular

想请教一下sob老师,这个是在md.mdp中修改嘛?具体要加在哪行嘛?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2020-10-24 10:07:08 | 只看该作者 Only view this author
计算小菜鸡 发表于 2020-10-23 09:28
小白求问sob老师,在mdp中如何设置来消除平动组

comm-grps  = protein
comm-mode  = angular
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

39

帖子

0

威望

113

eV
积分
152

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-23 09:28:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-23 06:11
别把问题搞复杂
一开始模拟就把蛋白设成消平动组就什么麻烦事都没了,也甭用非矩形盒子

小白求问sob老师,在mdp中如何设置来消除平动组

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2020-10-23 06:11:57 | 只看该作者 Only view this author
别把问题搞复杂
一开始模拟就把蛋白设成消平动组就什么麻烦事都没了,也甭用非矩形盒子

如果在VMD里看轨迹能看到蛋白质是完整、连续的,用VMD计算RMSD曲线
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 06:38 , Processed in 0.176993 second(s), 29 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list