求助：请教为什么Gromacs density 命令得到的图是对称的

呆宝可乐 · 发表于 Post on 2020-10-28 15:39:29

本帖最后由呆宝可乐于 2020-10-28 16:27 编辑

老师好，在用gromacs density求某一原子周围其它组分的密度分布时，发现得到的数据是轴对称的，如图

想问怎么理解负轴对应的密度？密度为什么是对称的？
还有一个问题”What method was employed to handle LJinteractions beyond the cut-off?“ 这个问题是回答没有相互作用了，还是回答分散修正（Dispersion correction）
小白问题显得有点白痴，感谢sob老师解惑。

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-29 12:45:24

呆宝可乐发表于 2020-10-29 08:40
那对称化的物理意义是什么呢？

好看

呆宝可乐 · 发表于 Post on 2020-10-29 08:40:11

sobereva 发表于 2020-10-28 16:58
gmx density的时候如果用了-symm就会将左右两侧的数据对称化

那叫色散(dispersion)修正。取决于你mdp里 ...

那对称化的物理意义是什么呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-28 16:58:49

gmx density的时候如果用了-symm就会将左右两侧的数据对称化

那叫色散(dispersion)修正。取决于你mdp里实际怎么设的dispcorr

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[GROMACS] 求助：请教为什么Gromacs density 命令得到的图是对称的

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