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[综合交流] 求助OH对醇的氢提取反应对IRC末端做优化得到的复合物

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  最近在计算OH对醇的氢提取反应,IRC按照默认步长跑完两百步后正常结束,取端点进行优化后遇到如下问题:
  1:位点1,离醇羟基相对较远,但是IRC反应物一侧优化后出现复合物,具有明显的氢键
  2:位点2,离醇羟基相对较近,IRC反应物一侧优化后OH远离醇羟基,但是那体系能量比反应物低1kcal左右,这种情况是否意味着存在复合物,复合物是可能是由氢键外什么作用导致的呢?
  谢谢大家的拨冗回复

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发表于 Post on 2020-11-18 11:44:46 | 只看该作者 Only view this author
jing-quan63 发表于 2020-11-18 11:09
我就这一个结构,发现能量比A+B低1kcal,然后sober老师说是复合物,我也想知道这个结构是不是C-H-O形成了 ...

这个用sob老师贴的链接里的方法就能知道了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-18 11:09:14 | 只看该作者 Only view this author
jing-quan63 发表于 2020-11-18 11:08
我就这一个结构,发现能量比A+B低1kcal,然后sober老师说是复合物

我就这一个结构,发现能量比A+B低1kcal,然后sober老师说是复合物,我也想知道这个结构是不是C-H-O形成了弱3氢键,但是没底

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-18 11:08:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-18 11:02
哦,你贴的图是没有氢键的那个是吧,我还以为你指的是C-H…O弱氢键
你把另一个结构也贴出来看看,可能是 ...

我就这一个结构,发现能量比A+B低1kcal,然后sober老师说是复合物

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发表于 Post on 2020-11-18 11:02:52 | 只看该作者 Only view this author
jing-quan63 发表于 2020-11-18 10:50
我理解的氢键就是醇羟基的O和OH的H形成的

哦,你贴的图是没有氢键的那个是吧,我还以为你指的是C-H…O弱氢键
你把另一个结构也贴出来看看,可能是另一个结构有不稳定因素,而不是这个结构有稳定因素
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-18 10:56:18 | 只看该作者 Only view this author
jing-quan63 发表于 2020-11-18 10:50
我理解的氢键就是醇羟基的O和OH的H形成的

我理解的氢键就是醇羟基的O和OH的H形成的,但是这个地方明显离得太远了,不具备这样的条件

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-18 10:50:28 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-18 10:47
你指的是哪个原子和哪个原子之间可能是氢键?标出来

我理解的氢键就是醇羟基的O和OH的H形成的

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发表于 Post on 2020-11-18 10:47:26 | 只看该作者 Only view this author
jing-quan63 发表于 2020-11-18 09:14
谢谢老师,那请问这是因为氢键形成的么,感觉不像啊

你指的是哪个原子和哪个原子之间可能是氢键?标出来
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-18 09:14:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-18 02:38
这就是个反应复合物
没必要管BSSE

谢谢老师,那请问这是因为氢键形成的么,感觉不像啊

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发表于 Post on 2020-11-18 02:38:44 | 只看该作者 Only view this author
jing-quan63 发表于 2020-11-17 14:56
如果是色散作用,在计算速率常数时需要当作RC处理吗,或者是否有必要计算BSSE?谢谢老师

这就是个反应复合物
没必要管BSSE
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-17 14:56:52 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jing-quan63 于 2020-11-17 17:15 编辑
sobereva 发表于 2020-11-17 02:33
画个RDG图就知道是什么作用导致的复合
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68

如果是色散作用,在计算速率常数时需要当作RC处理吗,或者是否有必要计算BSSE?谢谢老师

YA]XSP{HFBN@(YJG1OTGS}L.png (33.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

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发表于 Post on 2020-11-17 02:33:07 | 只看该作者 Only view this author
画个RDG图就知道是什么作用导致的复合
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
使用Multiwfn做NCI分析展现分子内和分子间弱相互作用
https://www.bilibili.com/video/av71561024

你没给出截图,凭空不好猜,八成是色散吸引作用。
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发表于 Post on 2020-11-16 14:54:36 | 只看该作者 Only view this author
判断是否存在复合物,应该按Gibbs自由能判断,而不是按能量判断
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sobereva 发表于 2020-11-16 10:24
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反 ...

好的,谢谢老师,请问这个问题如何解决呢?

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发表于 Post on 2020-11-16 10:24:16 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“复合物判断”改了,以后务必注意,下次将扣分处理。
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