关于4个mdp文件参数的疑惑，rlist 、rcoulomb 、 rvdw、coulombtype的选择

karme

最近还在看gromacs tutorial 的蛋白质配体复合物教程，然后我找到别人进行模拟教程的mdp文件，ions、em、nvt、npt以及md的。然后有一些疑惑，希望大佬们能解答一下
1  .ions.mdp文件，用的是cutoff-scheme   = Verlet，但是nstlist=1，可是我查手册nstlist=1不是只支持cutoff-scheme=group吗
2.  为什么ions和能量最小化的时候nstlist=1，然后到了nvt、npt却是等于20
3.   为什么ions的   rlist 、rcoulomb 、 rvdw这三个都是等于1.0，但是能量最小化，nvt、npt用的都是1.2
4.   为什么 ions.mdp的  coulombtype 用的是cutoff。而nvt，npt，md都是用PME
5.    为什么nvt的时候gen-vel=yes,产生速度，但是npt的时候却gen-vel = no，不产生速度
6.    为什么dispcorr 在前面几个mdp文件都不使用任何修正，为什么到了md的时候，却对能量和压力进行长程色散修正 discorr = enerpres
可能问题有点多，而且问题在你们看来可能有点蠢，但还是希望你们能解答一下我，谢谢！

ions是添加离子前的mdp文件

sobereva

牧生 发表于 2021-5-27 08:11
请教一下，在Langmuir 2018, 34, 351−358中，有这样的描述，
In the simulations, bond lengths wer ...

1 默认约束算法就是LINCS
2 可以。但最好和力场原文里用的一致，原理上结果最好，也不怕审稿人问
2 完全不需要写那些，纯粹是多余的

牧生

请教一下，在Langmuir 2018, 34, 351−358中，有这样的描述，
In the simulations, bond lengths were constrained using the LINCS algorithm. The nonbonded potential truncation was cut at 1.4 nm for the Lennard-Jones interactions.

问题一：但在培训班上的md_NPT.mdp文件里面，没有 LINCS 这一行，请问一下是否有必要加上如下几行，如果不必要，能否讲一下原因
constraint_algorithm = LINCS
lincs_order    = 4
lincs_iter       = 1

问题二：文献中截断为1.4 nm，但我为了节约时间，设置为1.0，应该也是可以的吧？

问题三：有人给我说，在进行md的时候，如下内容也是有必要的。我记得课上讲的，软件会自动调整rlist和nstlist，所以这两个是可以不要的。请问一下其余几个真的有必要吗？
ns_type = grid
nstlist = 10
rlist = 1              
pme_order = 4
fourierspacing = 0.16
continuation   = yes   

sobereva

bobosiji 发表于 2020-11-20 08:31
sob老师好，1-4不需要设是因为那个 ion.mdp并不用来跑MD，只是用来往体系加入ion么？

是。而且非键作用计算设成和MD用的不相同也说不出什么理由来

karme

sobereva 发表于 2020-11-20 04:19
不要盲目效仿教程，否则会导致很多没意义的“为什么”
1、2 没必要设nstlist
3 根本不需要特殊设定

谢谢sob老师

bobosiji

sobereva 发表于 2020-11-20 04:19
不要盲目效仿教程，否则会导致很多没意义的“为什么”
1、2 没必要设nstlist
3 根本不需要特殊设定

sob老师好，1-4不需要设是因为那个 ion.mdp并不用来跑MD，只是用来往体系加入ion么？

sobereva

不要盲目效仿教程，否则会导致很多没意义的“为什么”
1、2 没必要设nstlist
3 根本不需要特殊设定
4 根本不需要特殊设定
5 不要盲目效仿。一开始若在不很低的温度下直接产生初速度是很危险的，正确做法是从0K开始用退火平缓升温。NPT若延续NVT的模拟状态，显然不能重新产生初速度。另外，某些教程刻意先做NVT，其实完全是多余的。
6 本来就用不着。你先搞清楚色散的能量和压力修正实际用处是什么