涉及过渡金属的有机反应计算中校正因子相关问题

axuanyan · 发表于 Post on 2020-11-29 18:03:27

我现在在做一个150原子左右的过渡金属催化的有机反应，整个体系是闭壳层，涉及到五六周期的前过渡金属，如Zr，Nb这种金属。在M06-2X-d3/def2-TZVP//b3lyp-d3(bj)/def2-SVP(对金属用def2-TZVP)这样的计算水平进行优化和单点计算。

反应关注的是立体选择性，所以对物种间自由能差的准确度有一定要求，在算完一组后我才发现没有考虑到基频校正的问题。

想请教一下，
1）对于混合基组的基频校正因子和ZPE校正因子应该怎样拟合？或者有什么可以替代的校正因子可以使用？
2）对Gaussian 09来说，是否用scale=XXX这样的关键词就可以定义基频的校正因子了？

15926211076 · 发表于 Post on 2024-10-21 12:23:54

axuanyan 发表于 2020-12-1 21:01
我参考了《自行拟合基频校正因子与ZPE校正因子的简单方法》（http://sobereva.com/391）中的步骤，我对训 ...

X轴为计算值，Y轴为实验值

axuanyan · 发表于 Post on 2021-3-14 18:26:17

li447fan 发表于 2021-3-10 16:33
请问你得到的基频校正因子为多少呢？

没做基频的校正

li447fan · 发表于 Post on 2021-3-10 16:33:20

axuanyan 发表于 2020-12-2 15:04
打错了，我在回复里改一下，0.9849

请问你得到的基频校正因子为多少呢？

axuanyan · 发表于 Post on 2020-12-2 15:04:48

snljty 发表于 2020-12-2 15:00
0.98左右，不是0.94左右啊，要不你再检查一下？

打错了，我在回复里改一下，0.9849

snljty · 发表于 Post on 2020-12-2 15:00:31

axuanyan 发表于 2020-12-2 14:55
确实如您所言，我在建立这两个数据关系的时候发生了错误，认为计算值是Y了。这个级别正确的ZPE校正因子是 ...

0.98左右，不是0.94左右啊，要不你再检查一下？

axuanyan · 发表于 Post on 2020-12-2 14:59:51

wzkchem5 发表于 2020-12-1 21:07
是不是拟合的时候把自变量和因变量搞反了

抱歉，不是复制而是更严重的问题。您描述的情况是事实

axuanyan · 发表于 Post on 2020-12-2 14:56:53

snljty 发表于 2020-12-2 08:08
然而你确实搞反了，这个级别按照那个数据库拟合的对ZPE的校正因子应该是这个数的倒数，0.9848左右。

您说的没错，我把计算的ZPE当成Y了。

axuanyan · 发表于 Post on 2020-12-2 14:55:37

本帖最后由 axuanyan 于 2020-12-2 15:05 编辑

sobereva 发表于 2020-12-2 07:41
你先拟合个B3LYP/6-31G*的ZPE校正因子和已有数据对照免得过程搞错了

确实如您所言，我在建立这两个数据关系的时候发生了错误，认为计算值是Y了。这个级别正确的ZPE校正因子是0.9849

snljty · 发表于 Post on 2020-12-2 08:08:18

axuanyan 发表于 2020-12-1 21:28
这种错误太低级了吧，复制进Origin也不会有这种问题

然而你确实搞反了，这个级别按照那个数据库拟合的对ZPE的校正因子应该是这个数的倒数，0.9848左右。

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-2 07:41:19

axuanyan 发表于 2020-12-1 21:01
我参考了《自行拟合基频校正因子与ZPE校正因子的简单方法》（http://sobereva.com/391）中的步骤，我对训 ...

你先拟合个B3LYP/6-31G*的ZPE校正因子和已有数据对照免得过程搞错了

axuanyan · 发表于 Post on 2020-12-1 21:28:39

wzkchem5 发表于 2020-12-1 21:07
是不是拟合的时候把自变量和因变量搞反了

这种错误太低级了吧，复制进Origin也不会有这种问题

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-1 21:07:17

axuanyan 发表于 2020-12-1 21:01
我参考了《自行拟合基频校正因子与ZPE校正因子的简单方法》（http://sobereva.com/391）中的步骤，我对训 ...

是不是拟合的时候把自变量和因变量搞反了

axuanyan · 发表于 Post on 2020-12-1 21:01:07

sobereva 发表于 2020-12-1 16:15
拟合得可能有问题，B3LYP搭配档次与def2-SVP相仿佛的6-31G**、cc-pVDZ的ZPE校正因子都是小于1的值

我参考了《自行拟合基频校正因子与ZPE校正因子的简单方法》（http://sobereva.com/391）中的步骤，我对训练集中的分子在B3LYP/def2-SVP下分别进行优化和振动分析，得到的ZPE和附件中的真实ZPE进行线性拟合，令截距为0得到的斜率是1.0151±0.0040，R^2=0.9998

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-1 16:15:36

axuanyan 发表于 2020-11-30 20:12
好的，谢谢卢老师。
用前述帖子中的ZPVE15/10数据库作为训练集，我得到了B3LYP/def2-SVP的ZPE校正因子， ...

拟合得可能有问题，B3LYP搭配档次与def2-SVP相仿佛的6-31G**、cc-pVDZ的ZPE校正因子都是小于1的值

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[综合交流] 涉及过渡金属的有机反应计算中校正因子相关问题