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[综合交流] 涉及过渡金属的有机反应计算中校正因子相关问题

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我现在在做一个150原子左右的过渡金属催化的有机反应,整个体系是闭壳层,涉及到五六周期的前过渡金属,如Zr,Nb这种金属。在M06-2X-d3/def2-TZVP//b3lyp-d3(bj)/def2-SVP(对金属用def2-TZVP)这样的计算水平进行优化和单点计算。

反应关注的是立体选择性,所以对物种间自由能差的准确度有一定要求,在算完一组后我才发现没有考虑到基频校正的问题。

想请教一下,
1)对于混合基组的基频校正因子和ZPE校正因子应该怎样拟合?或者有什么可以替代的校正因子可以使用?
2)对Gaussian 09来说,是否用scale=XXX这样的关键词就可以定义基频的校正因子了?

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发表于 Post on 2024-10-21 12:23:54 | 只看该作者 Only view this author
axuanyan 发表于 2020-12-1 21:01
我参考了《自行拟合基频校正因子与ZPE校正因子的简单方法》(http://sobereva.com/391)中的步骤,我对训 ...

X轴为计算值,Y轴为实验值

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-14 18:26:17 | 只看该作者 Only view this author
li447fan 发表于 2021-3-10 16:33
请问你得到的基频校正因子为多少呢?

没做基频的校正

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发表于 Post on 2021-3-10 16:33:20 | 只看该作者 Only view this author
axuanyan 发表于 2020-12-2 15:04
打错了,我在回复里改一下,0.9849

请问你得到的基频校正因子为多少呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-2 15:04:48 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-12-2 15:00
0.98左右,不是0.94左右啊,要不你再检查一下?

打错了,我在回复里改一下,0.9849

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发表于 Post on 2020-12-2 15:00:31 | 只看该作者 Only view this author
axuanyan 发表于 2020-12-2 14:55
确实如您所言,我在建立这两个数据关系的时候发生了错误,认为计算值是Y了。这个级别正确的ZPE校正因子是 ...

0.98左右,不是0.94左右啊,要不你再检查一下?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-2 14:59:51 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-1 21:07
是不是拟合的时候把自变量和因变量搞反了

抱歉,不是复制而是更严重的问题。您描述的情况是事实

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-2 14:56:53 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-12-2 08:08
然而你确实搞反了,这个级别按照那个数据库拟合的对ZPE的校正因子应该是这个数的倒数,0.9848左右。

您说的没错,我把计算的ZPE当成Y了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-2 14:55:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 axuanyan 于 2020-12-2 15:05 编辑
sobereva 发表于 2020-12-2 07:41
你先拟合个B3LYP/6-31G*的ZPE校正因子和已有数据对照免得过程搞错了

确实如您所言,我在建立这两个数据关系的时候发生了错误,认为计算值是Y了。这个级别正确的ZPE校正因子是0.9849

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发表于 Post on 2020-12-2 08:08:18 | 只看该作者 Only view this author
axuanyan 发表于 2020-12-1 21:28
这种错误太低级了吧,复制进Origin也不会有这种问题

然而你确实搞反了,这个级别按照那个数据库拟合的对ZPE的校正因子应该是这个数的倒数,0.9848左右。

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发表于 Post on 2020-12-2 07:41:19 | 只看该作者 Only view this author
axuanyan 发表于 2020-12-1 21:01
我参考了《自行拟合基频校正因子与ZPE校正因子的简单方法》(http://sobereva.com/391)中的步骤,我对训 ...

你先拟合个B3LYP/6-31G*的ZPE校正因子和已有数据对照免得过程搞错了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-1 21:28:39 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-1 21:07
是不是拟合的时候把自变量和因变量搞反了

这种错误太低级了吧,复制进Origin也不会有这种问题

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发表于 Post on 2020-12-1 21:07:17 | 只看该作者 Only view this author
axuanyan 发表于 2020-12-1 21:01
我参考了《自行拟合基频校正因子与ZPE校正因子的简单方法》(http://sobereva.com/391)中的步骤,我对训 ...

是不是拟合的时候把自变量和因变量搞反了
Zikuan Wang
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BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-1 21:01:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-1 16:15
拟合得可能有问题,B3LYP搭配档次与def2-SVP相仿佛的6-31G**、cc-pVDZ的ZPE校正因子都是小于1的值

我参考了《自行拟合基频校正因子与ZPE校正因子的简单方法》(http://sobereva.com/391)中的步骤,我对训练集中的分子在B3LYP/def2-SVP下分别进行优化和振动分析,得到的ZPE和附件中的真实ZPE进行线性拟合,令截距为0得到的斜率是1.0151±0.0040,R^2=0.9998

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发表于 Post on 2020-12-1 16:15:36 | 只看该作者 Only view this author
axuanyan 发表于 2020-11-30 20:12
好的,谢谢卢老师。
用前述帖子中的ZPVE15/10数据库作为训练集,我得到了B3LYP/def2-SVP的ZPE校正因子, ...

拟合得可能有问题,B3LYP搭配档次与def2-SVP相仿佛的6-31G**、cc-pVDZ的ZPE校正因子都是小于1的值
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