用什么软件可以计算有机溶剂环境中晶体表面吸附的氢质子的吉布斯自由能

din5g · 发表于 Post on 2020-12-1 10:51:07

本帖最后由 din5g 于 2020-12-1 11:18 编辑

比如有机溶剂环境中，在MOS2单层上上吸附超氧自由基，生成物里面有氢质子，用什么软件可以计算吸附氢质子的吉布斯自由能，以及台阶图呢

din5g · 发表于 Post on 2020-12-20 19:32:00

wzkchem5 发表于 2020-12-7 22:26
超氧自由基可能用隐式溶剂就够了，虽然超氧自由基是离子，但是乙腈不和它形成氢键。不过保险起见你可以也 ...

老师，我有个问题想向您请教，在TiO2团簇上吸附甲苯（总原子数较少，30个左右），做优化和计算smd溶剂化自由能，老师有推荐的基组吗，考虑了很久实在是不知道选哪个

din5g · 发表于 Post on 2020-12-8 00:19:12

wzkchem5 发表于 2020-12-7 22:26
超氧自由基可能用隐式溶剂就够了，虽然超氧自由基是离子，但是乙腈不和它形成氢键。不过保险起见你可以也 ...

好的，多谢老师！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-7 22:26:32

din5g 发表于 2020-12-7 21:52
多谢老师，超氧自由基在乙腈中的吉布斯自由能我打算这么求：=气相的G（自己算）+溶解自由能。而其中溶解 ...

超氧自由基可能用隐式溶剂就够了，虽然超氧自由基是离子，但是乙腈不和它形成氢键。不过保险起见你可以也用显式溶剂算一下，对比一下

din5g · 发表于 Post on 2020-12-7 21:52:50

wzkchem5 发表于 2020-12-7 21:23
不能，理论级别必须严格统一，不然相减的时候误差不能抵消。
对于显式溶剂和隐式溶剂的情况，问题还更大 ...

多谢老师，超氧自由基在乙腈中的吉布斯自由能我打算这么求：=气相的G（自己算）+溶解自由能。而其中溶解自由能有两种选择：1，查文献（超氧自由基在乙腈中的溶解自由能）；2，利用杂化溶剂模型。用超氧自由基结合一定量乙腈分子。自由基结合乙腈分子的能量减去乙腈分子的能量再减去气相超氧自由基的能量就是自由基的溶解自由能。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-7 21:23:06

din5g 发表于 2020-12-7 20:23
老师，您好，我有一个做法不知道可不可行，想请教一下您：
我在求反应的吉布斯能变时，可以在一个反应中 ...

不能，理论级别必须严格统一，不然相减的时候误差不能抵消。
对于显式溶剂和隐式溶剂的情况，问题还更大一些，因为如果你加显式溶剂，那么只能算出来溶质和溶剂分子的总能量，而没法得到溶质本身的能量，但是隐式溶剂算出来的是溶质的能量，所以两者根本减都没法减，都谈不上误差抵消的问题。

din5g · 发表于 Post on 2020-12-7 20:23:18

wzkchem5 发表于 2020-12-4 08:46
你把你的反应搞清楚，按你画的基元反应那个质子到底应该在哪，然后在基底上合适的位置放一个超氧自由基和 ...

老师，您好，我有一个做法不知道可不可行，想请教一下您：
我在求反应的吉布斯能变时，可以在一个反应中，对中性分子用隐式溶剂模型而对阴离子用显式溶剂模型吗

din5g · 发表于 Post on 2020-12-4 09:43:58

wzkchem5 发表于 2020-12-4 08:46
你把你的反应搞清楚，按你画的基元反应那个质子到底应该在哪，然后在基底上合适的位置放一个超氧自由基和 ...

麻烦老师了，实在是很感谢老师的回复！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-4 08:46:35

din5g 发表于 2020-12-3 21:24
好的，多谢老师，这个第1步指的是在有机溶剂乙腈环境中，在周期性体系上吸附超氧自由基并且引入质子。如 ...

你把你的反应搞清楚，按你画的基元反应那个质子到底应该在哪，然后在基底上合适的位置放一个超氧自由基和一个质子就行了

din5g · 发表于 Post on 2020-12-3 21:24:03

wzkchem5 发表于 2020-12-3 18:28
1. 只有你知道。如果你不知道质子应该放在哪里，说明你还没有充分理解你的反应。如果你能在严格配平的情 ...

好的，多谢老师，这个第1步指的是在有机溶剂乙腈环境中，在周期性体系上吸附超氧自由基并且引入质子。如果是vasp，那么如何搭建吸附的超氧自由基的模型呢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-3 18:28:00

din5g 发表于 2020-12-3 17:01
老师，不好意思，我还有一些问题想向老师请教：
1，在有机溶剂乙腈环境中，我在周期性体系上吸附超氧自 ...

1. 只有你知道。如果你不知道质子应该放在哪里，说明你还没有充分理解你的反应。如果你能在严格配平的情况下把每一步基元反应都完整确切地画出来，你自然知道那个质子应该在哪里。
2. 你这个第1步指的是什么？首先你应该选择用团簇模型还是用周期性边界条件，高斯适合前者，vasp适合后者

din5g · 发表于 Post on 2020-12-3 17:01:37

wzkchem5 发表于 2020-12-1 21:05
随便搜几篇电化学催化的计算文章就行了

老师，不好意思，我还有一些问题想向老师请教：
1，在有机溶剂乙腈环境中，我在周期性体系上吸附超氧自由基，以保证中性体系，我应该在环境里引入质子（有反应会生成质子），那么我的质子应该放哪呢？
2，第1步在哪个软件中实现会更好一点呢，老师有推荐的软件吗，比较了下vasp和gaussian，我准备用gaussian试试

din5g · 发表于 Post on 2020-12-1 22:08:53

wzkchem5 发表于 2020-12-1 21:05
随便搜几篇电化学催化的计算文章就行了

好的，多谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-1 21:05:44

din5g 发表于 2020-12-1 20:26
还是不太懂在周期性体系中怎么操作，老师有计算离子吸附的吉布斯自由能的相关文献吗

随便搜几篇电化学催化的计算文章就行了

din5g · 发表于 Post on 2020-12-1 20:26:06

wzkchem5 发表于 2020-12-1 19:43
如果是团簇模型，那么按正常的分子的计算方法就行了，但是因为氢离子不能单独存在，需要用两个乙腈分子稳 ...

还是不太懂在周期性体系中怎么操作，老师有计算离子吸附的吉布斯自由能的相关文献吗

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[新手求助] 用什么软件可以计算有机溶剂环境中晶体表面吸附的氢质子的吉布斯自由能

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