用acpype生成的top文件，进行能量最小化报错： Malformed include option

哪有这么脆弱 · 发表于 Post on 2020-12-2 14:43:40

本帖最后由哪有这么脆弱于 2020-12-3 10:03 编辑

老师们，我刚学习动力学。我构建了一个聚合度为10的PVA。构建一条链在盒子中进行能量最小化，但是出现这个报错：Malformed include option in 10.top运行的命令为：gmx grompp -f EM.mdp -c box.gro -p 10.top -o em.tpr

我检查了一遍不知道top文件那部分有格式错误，请各位老师帮忙指正，谢谢

哪有这么脆弱 · 发表于 Post on 2020-12-3 10:51:14

mdp文件简化成这样的时候链也会断开

哪有这么脆弱 · 发表于 Post on 2020-12-3 10:07:22

这是warning 的信息

哪有这么脆弱 · 发表于 Post on 2020-12-3 10:03:25

老师我重新上传了mdp文件

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-2 23:18:09

要么把报错信息贴全一些，要么把mdp上传，便于别人测试

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 用acpype生成的top文件，进行能量最小化报错： Malformed include option