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[Gaussian/gview] 怎样利用Gaussian确定自由基加合产物的连接位点呢?

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如图(A)是某酚类化合物自由基(记作ArOH·),(B)是PTIO自由基(PTIO·)。已知A和B可以互相连接形成自由基加合产物(ArOH·+PTIO·=ArOH-PTIO),如何利用Gaussian确定其连接位点?

方案一:由于共轭作用,A中的单电子可能会离域到箭头所指的位置(不知道对不对),因此计算每一个箭头所指位置与B连接产物的焓变,焓变低的即是最合理结构。
方案二:直接算出所有可能位点的焓变进行比较。即只要不饱和的地方都视作可能位点。
方案三:由方案一确定可能位点后,算出过渡态,走IRC,计算能量变化。对于这个方案,是不是也要根据一中的不同位点算出不同的过渡态。

刚入门高斯,理论水平实在有限,见笑了。希望大神能够指导下,上述三种方案是否有可行的,或者有别的做法呢?万分感激。




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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-4 14:57:30 | 只看该作者 Only view this author
谢谢你们的指导,我大概明白了。 图A箭头确实指错了,见笑。

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发表于 Post on 2020-12-4 12:24:43 | 只看该作者 Only view this author
可以先把两个自由基优化出来,看看自旋密度分布(下文),有大概率是两个分子以单电子最富集的地方结合
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html
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发表于 Post on 2020-12-4 11:51:36 | 只看该作者 Only view this author
方案一箭头指的位置完全搞错了。仔细画出来自由基每一个可能共振到的位置,再判断一遍,确保共振式没有画错,然后按方案一初步筛选,去掉热力学非常不利的结构,再用方案三确定哪个在动力学上最有利。
不过从化学直观上讲,我觉得PTIO夺取右边的酚羟基氢的可能性比较大。实验上确定是加成了吗?还是只是观察到自由基消失了,不知道产物是一个分子还是两个分子?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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