求助：将离子限制在X轴上跑出的pmf与不加限制跑出的pmf有差别

zcw · 发表于 Post on 2020-12-14 10:51:33

求助：利用freeze和position_restraints将离子限制在X轴上跑出的pmf与不加限制跑出的pmf有差别，是什么原因导致的？有什么方法可以修改吗？

zcw · 发表于 Post on 2020-12-16 12:49:41

k64_cc 发表于 2020-12-16 12:33
考虑三维空间，有P(r)=4 \pi r^2 P(x), 又有F(r)=-RTln(P(r)), F(x)=-RTln(P(x))，带进去就能转换了。

...

好的，谢谢您的指点，我来尝试一下，我做的这个只是用作对照，物理意义其实就没有多大。

k64_cc · 发表于 Post on 2020-12-16 12:33:37

本帖最后由 k64_cc 于 2020-12-16 12:37 编辑

zcw 发表于 2020-12-16 12:17
我是将freeze x axis 和位置限制控制与不加任何限制作比较，希望能够得出的pmf相同

考虑三维空间，有P(r)=4 \pi r^2 P(x), 又有F(r)=-RTln(P(r)), F(x)=-RTln(P(x))，带进去就能转换了。

恕我直言，你这个操作的物理意义很迷，以至于我都没搞明白你这是一个三维的自由运动还是二维的自由运动……垂直于界面的轴控制了吗？如果是平面上的自由运动，那就把上面那个球的表面积换成圆的周长。

zcw · 发表于 Post on 2020-12-16 12:17:28

k64_cc 发表于 2020-12-16 11:52
比如说气液界面是垂直于z轴的，那你PMF就在XY面上跑？然后图里是你用freeze x axis的结果和在xy面上自由 ...

我是将freeze x axis 和位置限制控制与不加任何限制作比较，希望能够得出的pmf相同

zcw · 发表于 Post on 2020-12-16 12:15:14

我是将freeze x axis 和位置限制控制与不加任何限制作比较，希望能够得出的pmf相同

k64_cc · 发表于 Post on 2020-12-16 11:52:26

本帖最后由 k64_cc 于 2020-12-16 11:54 编辑

zcw 发表于 2020-12-15 18:14
阴阳两个离子，其中阴离子为hpo4，在气液（水）相的液相的不同位置，要处在同一水平面跑pmf

比如说气液界面是垂直于z轴的，那你PMF就在XY面上跑？然后图里是你用freeze x axis的结果和在xy面上自由移动的结果比较吗？
那你这个x axis上的限制加的挺没道理的……不过应该还是能转换，我翻翻书啊

zcw · 发表于 Post on 2020-12-15 18:14:20

本帖最后由 zcw 于 2020-12-15 19:13 编辑

k64_cc 发表于 2020-12-15 17:46
那你可能不太需要这个公式。能具体讲一下你的体系吗？我感觉你加那个限制之后，整个物理过程可能就不太一 ...

阴阳两个离子，其中阴离子为hpo4，在气液（水）相的液相的不同位置，要处在同一水平面跑pmf

k64_cc · 发表于 Post on 2020-12-15 17:46:32

zcw 发表于 2020-12-15 16:12
您好，因为我要跑的是气液界面的在不同位置处的pmf，因此就需要限制，可是限制后就和不限制的有差别。能问 ...

那你可能不太需要这个公式。能具体讲一下你的体系吗？我感觉你加那个限制之后，整个物理过程可能就不太一样了……

zcw · 发表于 Post on 2020-12-15 16:12:40

您好，因为我要跑的是气液界面的在不同位置处的pmf，因此就需要限制，可是限制后就和不限制的有差别。能问一下您有这个公式的详细解释吗？

k64_cc · 发表于 Post on 2020-12-15 13:00:01

三维和一维的自由运动在entropy上有差别，关系如下：
∆F(r) = −2k_BT ln x + ∆F(x)

你这个没必要限制吧

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