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[GROMACS] 求助:小分子—膜体系,如何用position/distance restraint限制小分子

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本帖最后由 byqyb 于 2020-12-16 14:46 编辑

老师您好,我目前在做小分子和膜体系的MD,初始状态是小分子在膜表面,经过模拟之后小分子会跑到膜的中间tail部分。我想要体系在MD过程中保持小分子在膜表面的位置。

尝试了position restraint ,结果小分子还是会到tail的部分,restranit参数设置如下
gmx_genrestr生成porse_bbp.itp
[position_restraints ]
;  i funct      fcx        fcy        fcz
   1   1       1000       1000       1000
   2   1       1000       1000       1000
   3   1       1000       1000       1000
最小化和平衡模拟的.mdp文件添加了define -DPOSRES  ; position restrain the BBP,但最终模拟的.mdp文件未添加,不知是否是这个问题?还是我添加的define不对?

另外,我不知道是否应该用distance restraint更为合适?即限制小分子质心在Z方向到膜质心的距离> 1/2 lipid thickness





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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-5 21:41:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-5 13:13
不用管那个warning,一直都用Berendsen没问题,如果有审稿人说三道四到时候你就说PR压浴不稳定

好的好的,多谢老师的解答

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发表于 Post on 2021-1-5 13:13:33 | 只看该作者 Only view this author
byqyb 发表于 2021-1-4 16:25
好的,谢谢sob老师提醒。就该问题重新编辑:
加限制之后最小化和平衡都能正常跑,但成品MD时提示:如果 ...

不用管那个warning,一直都用Berendsen没问题,如果有审稿人说三道四到时候你就说PR压浴不稳定
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-4 16:25:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-2 20:42
贴图方式不对,其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图,此问题在这里还 ...

好的,谢谢sob老师提醒。就该问题重新编辑:
加限制之后最小化和平衡都能正常跑,但成品MD时提示:如果要position restraint,建议将压力耦合方法换成berendsen,否则会导致震荡

但是换成berendsen之后,又出现warning:Using Berendsen pressure coupling invalidates the true ensemble for the thermostat

想问一下老师,这里压力耦合方法应如何选择?应该直接用Parrinllo-Rahman的方法,忽略掉instabilities吗?我两种方法都试了一下,发现Berendsen方法下收敛的要更好一些。我的体系一共73035个原子,是想md之后,做一下拉伸分子动力学。问了导师,她说两种方法都可以,但还是想请教一下这里pcoupl方法对模拟有什么影响。谢谢老师。

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发表于 Post on 2021-1-2 20:42:03 | 只看该作者 Only view this author
byqyb 发表于 2020-12-18 22:14
嗯嗯好的,谢谢老师。我加限制之后最小化和平衡都能正常跑,但成品MD提示如果要position restraint,建议 ...

贴图方式不对,其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图,此问题在这里还特意强调了:http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-18 22:14:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-18 05:52
#ifdef POSRES这种#打头的叫预处理语句
ifdef代表if defined,当前define = -DPOSRES才会令#include "to ...

嗯嗯好的,谢谢老师。我加限制之后最小化和平衡都能正常跑,但成品MD提示如果要position restraint,建议将压力耦合方法换成berendsen,否则会导致震荡

但是换成berendsen之后,又出现下面这个warning:

想问一下sob老师,我应该直接用Parrinllo-Rahman的方法,忽略掉instabilities吗?还是应该怎么处理呢?我的体系一共73035个原子,是想md之后,做一下拉伸分子动力学。非常感谢老师帮我解答。

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发表于 Post on 2020-12-18 05:52:53 | 只看该作者 Only view this author
byqyb 发表于 2020-12-17 14:10
老师,我include的位置是这样的
#include "toppar/BBP.itp"

#ifdef POSRES这种#打头的叫预处理语句
ifdef代表if defined,当前define = -DPOSRES才会令#include "toppar/posre_bbp.itp"生效
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-17 14:10:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-17 10:22
如果你在top里引入posre_bbp.itp的时候没用预处理语句,就根本不需要写define = -DPOSRES
如果引入了但是 ...

老师,我include的位置是这样的
#include "toppar/BBP.itp"

; BBP position restraints
#ifdef POSRES
#include "toppar/posre_bbp.itp"
#endif
您说的预处理语句是指 ; BBP position restraints吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-17 12:02:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-17 10:22
如果你在top里引入posre_bbp.itp的时候没用预处理语句,就根本不需要写define = -DPOSRES
如果引入了但是 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2020-12-17 10:22:16 | 只看该作者 Only view this author
如果你在top里引入posre_bbp.itp的时候没用预处理语句,就根本不需要写define = -DPOSRES
如果引入了但是发现没起到效果,大概率是没include到正确的位置
没必要距离限制
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发表于 Post on 2020-12-17 10:19:53 | 只看该作者 Only view this author
看清楚板块再发贴,学术求助帖不得发到“资源分享”子版块,这次给你移动了,下次直接删帖处理
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