求教VMD中考虑周期性算出来的有的键长出错的问题

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VMD新手求教论坛各位老师：在我使用atomselect top "name A and pbwithin 2.4 of name B"选择原子计算键长的时候  会出现超过2.4埃的结果（约为12埃，即盒子边长小一点点）据我确定确实是盒子两边的两个原子存在这种情况  不知道各位老师是否遇见过这种问题  是否有解决的办法

九月九

周期镜像的原因吧，你用什么算的，vasp？amber？

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snljty 发表于 2020-12-17 20:53
没看明白，这不正好说明考虑pbc以后距离确实在2.4 埃以内么？如果不想考虑pbc，就把pbwithin换成within。

是这样的   我选择pbwithin 想着算的话键长就应该是盒子A右边边界的原子a和右相邻盒子B里边的另一个原子b'算键长  那么长度应该在2.4以内，  但是实际上算的键长是盒子A右边的原子a和盒子A左边边界的原子b的距离 这个距离就出现了大问题了  也不知道该怎么处理....

snljty

没看明白，这不正好说明考虑pbc以后距离确实在2.4 埃以内么？如果不想考虑pbc，就把pbwithin换成within。