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[综合交流] 分子内相互作用的作用能如何计算

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老师,有个难题需要请教您,做的一个关于分子内的若相互作用,但我的结构中有两个或三个相互作用的位点。他们之间的作用能如何计算呢?本想参考本网站内的分子内氢键键能的计算方法http://sobereva.com/522,但网站内仔细研究发现对我的结构并不是很适用。所以想请教老师,目前这种结构该如何计算?

GaO-1-3CH2-CHO3-dz-opt.zip

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GaO-1-4CH2-2NH2-dz-opt.zip

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发表于 Post on 2020-12-19 19:12:04 | 只看该作者 Only view this author
基于索引ndx的分组,然后gmx energy命令,会提示你用那两组之间的键能信息。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-19 10:08:23 | 只看该作者 Only view this author
利用 counterpoise=2来分片段进行计算吗?老师,能提供一下具体办法计算方法吗?

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发表于 Post on 2020-12-19 09:32:40 | 只看该作者 Only view this author
枕上卢生 发表于 2020-12-18 10:16
老师,我想算的是末端O原子或者N原子与中心B、Ga之间的相互作用的作用能。

当前情况明显可以通过切割片段来实现计算
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-18 10:17:56 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-12-17 22:40
卢老师的这两篇博文,看过了嘛?
《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》
http://sobereva.com/46

您好,我算的是分子内的相互作用

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-18 10:16:57 | 只看该作者 Only view this author
老师,我想算的是末端O原子或者N原子与中心B、Ga之间的相互作用的作用能。

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发表于 Post on 2020-12-18 08:24:08 | 只看该作者 Only view this author
每个都算下,看哪个低呗

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发表于 Post on 2020-12-18 06:42:40 | 只看该作者 Only view this author
说清楚到底要算当前分子里哪个片段间的相互作用
上传out文件莫名其妙,对于别人理解当前问题没有直接帮助,下载文件用gview看还麻烦,而且还浪费服务器空间。直接贴个示意图多好
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-12-17 22:40:14 | 只看该作者 Only view this author
卢老师的这两篇博文,看过了嘛?
《谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理》
http://sobereva.com/46
《在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子》
http://bbs.keinsci.com/thread-16585-1-1.html

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