[GROMACS] 求助：gromacs如何实现两个平行的DNA分子，以两个分子轴的距离作为反应坐标计算pmf

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1900

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发表于 Post on 2020-12-23 21:22:00 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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本帖最后由 1900 于 2020-12-24 09:57 编辑

我想要计算两个DNA分子之间的pmf，通过在top中添加共价键，将每一个DNA分子都模拟成了infinite的。但是我如何在DNA分子的质心之间添加一个弹性系数为k的依赖于距离的弹簧势，并且使距离是由两个质心的距离在xy平面的投影决定？
使用pull_dim么？如果是的话，请详细地讲一下它的具体的作用。多谢多谢！！

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