使用periodic_molecules=yes的意义是什么？

Norman · 发表于 Post on 2021-1-2 04:10:59

请问各位老师，对于周期性体系，比如石墨烯片、COF、MOF等，理论上是需要使用periodic-molecules=yes。但我不明白Gromacs中使用periodic-molecules=yes的意义是什么，以及.top文件需要什么特殊处理吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-2 17:24:06

Norman 发表于 2021-1-2 16:42
就是要设置好盒子大小，使跨越边界的原子之间的键长也等于实际键长？

是
而且必须用periodic_molecules=yes告诉程序在计算成键项的时候考虑跨盒子与相邻镜像原子成键的情况，否则只考虑与当前盒子内原子成键，明显是错的

Norman · 发表于 Post on 2021-1-2 16:42:40

高朋满座发表于 2021-1-2 11:08
分子中有跨过盒子边界成键的情况
需要检查或修改拓扑文件，使得边界位置成键连续

就是要设置好盒子大小，使跨越边界的原子之间的键长也等于实际键长？

高朋满座 · 发表于 Post on 2021-1-2 11:08:55

分子中有跨过盒子边界成键的情况
需要检查或修改拓扑文件，使得边界位置成键连续

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[GROMACS] 使用periodic_molecules=yes的意义是什么？