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[GROMACS] 求助用于GMX中不同pH下的蛋白质的预处理问题

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大家好,我想请教下,想进行不同pH条件下的蛋白质与小分子配体的动力学模拟,在进行MD之前,蛋白质已经通过H++在线网站计算了各个氨基酸残基的pKa,图片中是最后的结果,有个最终的pdb文件,这个可以直接用于MD中产生拓扑么,还需要进行其他什么处理么?谢谢大家



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发表于 Post on 2021-1-5 13:43:37 | 只看该作者 Only view this author
GROMACS不会管你一开始的pdb里的质子化状态是什么样,通常pdb2gmx都是带着-ignh用,氢会以默认规则自动加上
如果要按照H++判断的质子化态来跑,pdb2gmx里应当手动选择残基的质子化态
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-6 14:38:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-5 13:43
GROMACS不会管你一开始的pdb里的质子化状态是什么样,通常pdb2gmx都是带着-ignh用,氢会以默认规则自动加上 ...

嗯呐  谢谢Sob老师,这个后续是不是就会涉及到非标准化残基的处理呀

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发表于 Post on 2021-1-7 00:22:11 | 只看该作者 Only view this author
kiss小婕55 发表于 2021-1-6 14:38
嗯呐  谢谢Sob老师,这个后续是不是就会涉及到非标准化残基的处理呀

不涉及

侧链能质子解离/结合质子的残基,不同质子化态都属于标准残基范畴
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-7 09:25:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-7 00:22
不涉及

侧链能质子解离/结合质子的残基,不同质子化态都属于标准残基范畴

嗯呐  谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2021-7-22 17:43:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-5 13:43
GROMACS不会管你一开始的pdb里的质子化状态是什么样,通常pdb2gmx都是带着-ignh用,氢会以默认规则自动加上 ...

请问老师怎么在gmx pdb2gmx这一步手动选择残基的质子化状态呢,麻烦老师指点一下

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发表于 Post on 2021-7-23 03:31:46 | 只看该作者 Only view this author
芮啦 发表于 2021-7-22 17:43
请问老师怎么在gmx pdb2gmx这一步手动选择残基的质子化状态呢,麻烦老师指点一下


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发表于 Post on 2021-7-23 09:47:45 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师回复,感谢老师的指点

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发表于 Post on 2023-8-19 15:05:24 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问不同ph下蛋白的MD模拟,除了在蛋白预处理的时候预测不同ph下的残基质子化状态,还需要什么额外的处理吗?在模拟的时候参数设置和普通的分子动力学模拟一样吗?有什么需要额外设置的模拟参数呢?

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发表于 Post on 2023-11-28 23:23:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Blake 于 2023-11-29 01:13 编辑

Sob老师,如果只想对特定两种氨基酸进行质子化处理,例如ASP和GLU,那么怎么进行选择呢?我尝试了gmx pdb2gmx -f mix.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh -asp -glu是不行的。是否需要先交互式选择其中一种残基,然后用生成的gro文件作为新的输入文件再选择另一种残基?例如:step1:gmx pdb2gmx -f mix.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh -asp;step2:gmx pdb2gmx -f protein.gro -o protein.gro -p topol.top -ignh -asp。我这么做的时候是没有报错的,就是不知道会不会有隐含的其他问题。

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发表于 Post on 2023-11-29 00:25:08 | 只看该作者 Only view this author
Blake 发表于 2023-11-28 23:23
Sob老师,如果只想对特定两种氨基酸进行质子化处理,例如ASP和GLU,那么怎么进行选择呢?我尝试了gmx pdb ...

尝试用-inter
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发表于 Post on 2023-11-29 01:10:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Blake 于 2023-11-29 01:12 编辑

谢谢Sob老师的回复。我的蛋白质体系比较大,是多聚体蛋白,总计4000多个残基,如果用-inter的话需要通过交互判断的残基实在太多,而我只需要修改两种类型的氨基酸,这种情况的话依然是使用-inter更好吗?此外,如果使用-inter的话,一些特殊情况比如说遇到HIS要求判断HSE\HSD\HSP,和判断-COOH\-COO-等,这都是PROPKA预测残基pka后所不能得到的信息,我想请教一下这种情况又该如何判断HSE\HSD\HSP和-COOH\-COO-等呢?

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发表于 Post on 2023-11-29 05:51:04 | 只看该作者 Only view this author

来跟Sob老师说一下问题已解决,谢谢Sob老师的帮助~~我刚才又尝试了一下,发现确实不可以逐步进行修改。因为在处理-asp之后再处理-glu会有“Atom OT1 in residue ASP 174 was not found in rtp entry ASP with 12 atoms while sorting atoms.”报错,所以只能通过-inter进行处理。我刚才发现如果不进行残基pka修改直接生成gro文件(gmx pdb2gmx -f mix.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh)后有各个残基的原始标准化残基名称,对照着这个gro文件可以解决“遇到HIS要求判断HSE\HSD\HSP,和判断-COOH\-COO-”等问题,以及通过写脚本可以解决需要修改的残基数太多的问题。

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发表于 Post on 2024-3-25 16:41:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 刘梦琪 于 2024-3-25 16:42 编辑
Blake 发表于 2023-11-29 05:51
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****


能否请教一下,关于您刚刚提到的“如果不进行残基pka修改直接生成gro文件(gmx pdb2gmx -f mix.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh)后有各个残基的原始标准化残基名称,对照着这个gro文件可以解决“遇到HIS要求判断HSE\HSD\HSP,和判断-COOH\-COO-”等问题”这一步是怎么比对的呀?如何选择HIS呀?

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发表于 Post on 2024-8-30 16:26:44 | 只看该作者 Only view this author
Blake 发表于 2023-11-29 05:51
来跟Sob老师说一下问题已解决,谢谢Sob老师的帮助~~我刚才又尝试了一下,发现确实不可以逐步进行修改。因 ...

您好,可是这样处理固定的残基是为啥呀?在实际实验中不就没法对应设定的H++的PH了嘛?另外我有个疑问,H++给出的结果里面,是如何判断残基的电荷状态呢,比如说H++会给PI值然后说在特定PH下的总电荷是多少,是根据这个PI和PK1/2进行inter判定还是根据PK1/2和实际PH进行inter判断呢

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