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[GAMESS-US] 计算苯-苯弱相互作用求指导!

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老师您好!我在用gamess计算并苯分子体系的极化能,从二苯到五苯分子,分别计算其三聚体能量,我选用B3LYP/6-311G*的方法,结果计算的不好,由其是三聚体中性分子的能量,求老师给出建议!

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发表于 Post on 2016-1-4 12:58:17 | 只看该作者 Only view this author
feixu381 发表于 2016-1-4 11:21
你好,请教一下:不知道你的体系中含重原子吗?重原子在gamess中6-311g*基组怎么设定的,我的体系含Br和I, ...

6-311G*对于第5周期没有定义,对于第四周期有定义并且从EMSL上可以查到,但是GAMESS-US里没有内置,但可以从EMSL上拷来定义用。
6-311G*本身就是全电子基组,没有对应的赝势。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2016-1-4 11:21:31 | 只看该作者 Only view this author
你好,请教一下:不知道你的体系中含重原子吗?重原子在gamess中6-311g*基组怎么设定的,我的体系含Br和I,EMSL中对Br和I来说没有ECP部分,我的出错总是说输入有误。谢谢!

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发表于 Post on 2015-11-15 15:26:41 | 只看该作者 Only view this author
浤羽 发表于 2015-11-14 08:43
非常感谢sob老师!sob老师你说的对,在计算三聚体能量时,平行排布结构的三聚体用B3LYP/6-311G*的方法计 ...

6-311+G这是简写了还是就这样,用极化换掉弥散也会好很多吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-15 11:16:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-14 17:22
你仔细看了博文就知道了
6-311+G**已经有弥散了啊
B3LYP根本描述不了色散作用,博文已经说了。

好的老师,我好好看下。

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发表于 Post on 2015-11-14 17:22:16 | 只看该作者 Only view this author
浤羽 发表于 2015-11-14 08:43
非常感谢sob老师!sob老师你说的对,在计算三聚体能量时,平行排布结构的三聚体用B3LYP/6-311G*的方法计 ...

你仔细看了博文就知道了
6-311+G**已经有弥散了啊
B3LYP根本描述不了色散作用,博文已经说了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-14 08:44:09 | 只看该作者 Only view this author

非常感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-14 08:43:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-14 00:41
苯分子之间根据相对朝向不同,可以是静电主导(比如T型、平行位错)也可以是色散主导(pi-pi堆积)。静电主 ...

非常感谢sob老师!sob老师你说的对,在计算三聚体能量时,平行排布结构的三聚体用B3LYP/6-311G*的方法计算的和amoeba计算的结果还比较接近,结果较好,而对于人字形堆积的三聚体结构,这个方法计算结果就不对,尤其是并四苯和并五苯的三聚体能量,错误明显。老师那您推荐的M06-2X-D3/6-311+G**的方法,算我的体系里面可以加弥散吗?我之前用B3LYP/6-311+G的方法算结果不好。。还是b3lyp的关系?

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发表于 Post on 2015-11-14 00:41:23 | 只看该作者 Only view this author
苯分子之间根据相对朝向不同,可以是静电主导(比如T型、平行位错)也可以是色散主导(pi-pi堆积)。静电主导时B3LYP勉勉强强还能定性正确,色散主导时B3LYP彻底没法用,结果完全错误,这早已是众所周知的事。必须加D3校正才行。

用什么方法合适在这些文章中有讨论
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214

你用M06-2X-D3/6-311+G**可以得到不错的结果。
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发表于 Post on 2015-11-13 22:00:55 | 只看该作者 Only view this author

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