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[新手求助] 求助关于离子液体和苯酚的氢键作用计算

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各位老师好,我是个小白,最近在研究水中的离子液体和苯酚间氢键作用相关的计算,想请教一下大家,离子液体是BmimTF2N,我想用gaussian计算键长,用rdg等值面图和散点图表现氢键大小,
具体过程如下,1.先画出阴阳离子和苯酚分子,再进行gaussian结构优化和频率计算,关键词是# opt freq b3lyp scrf=(smd,solvent=water) def2tzvp em=gd3bj out=wfn
2.再将优化好的阴阳离子放在一起,优化和频率计算+关键词同1
3.计算苯酚和优化好的离子液体的单点能;关键词M062X  em=gd3bj 6-311+g(d,p) scrf=(smd,solvent=water) out=wfn
4.将优化好的苯酚和离子液体放在一起结构优化和频率计算,关键词同1
5计算优化好的复合物的单点能,关键词同3
6计算bsse
7用multiwfn画图
请问大家这个过程有哪些问题呀,刚接触计算化学,太多不懂得,希望大家多多批评

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发表于 Post on 2022-5-28 02:09:33 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2022-5-27 13:59
Sob老师,我最近用xtb跑离子液体的动力学,发现一些小阴离子(比如氯离子)跑的时候会明显远离离子液体阳 ...

说明具体细节,结构什么样(给截图),运行的命令行是什么等等
诸如如果你用隐式水溶剂,溶剂会显著稳定化离子,解离了才是正常的
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发表于 Post on 2022-5-28 01:57:55 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2022-5-27 18:32
加了,用的是GBSA。

那是正常的,因为离子液体里面本来离子就不是待在一起的,本来就会电离开。
如果要不让离子跑太远,可以加一个限制势,离子碰到限制势的壁就会反弹回来。但是限制势的空间分布范围必须远大于离子尺寸,因为如果限制得太严了(让离子没办法跑开得比较远),得到的结果是不真实的。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2022-5-28 01:32:11 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-27 16:10
加了溶剂模型了吗?

加了,用的是GBSA。

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发表于 Post on 2022-5-27 16:10:45 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2022-5-27 06:59
Sob老师,我最近用xtb跑离子液体的动力学,发现一些小阴离子(比如氯离子)跑的时候会明显远离离子液体阳 ...

加了溶剂模型了吗?
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-5-27 13:59:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-8 00:18
帖子标题里别用那么多叹号,显得吓人。给你去掉了,以后注意

opt freq用6-31+G*足够了

Sob老师,我最近用xtb跑离子液体的动力学,发现一些小阴离子(比如氯离子)跑的时候会明显远离离子液体阳离子,请问这种情况应该怎么解决呢?好像也不是降低跑动力学温度就能解决的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-8 15:29:24 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-8 10:59
这个没什么问题,可以这样用
如果被审稿人质疑,就说SMD算结构优化有数值问题难收敛,IEFPCM算单点不够 ...

嗯嗯明白了谢谢您

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发表于 Post on 2021-1-8 10:59:17 | 只看该作者 Only view this author
dengjj 发表于 2021-1-8 09:53
社长,我还有一个问题,计算单点能的时候溶剂模型可以使用SMD吗,这样优化和能量计算的溶剂模型不一样是 ...

这个没什么问题,可以这样用
如果被审稿人质疑,就说SMD算结构优化有数值问题难收敛,IEFPCM算单点不够准
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-8 09:53:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-8 00:18
帖子标题里别用那么多叹号,显得吓人。给你去掉了,以后注意

opt freq用6-31+G*足够了

社长,我还有一个问题,计算单点能的时候溶剂模型可以使用SMD吗,这样优化和能量计算的溶剂模型不一样是否会影响结果?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-8 09:03:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-8 00:18
帖子标题里别用那么多叹号,显得吓人。给你去掉了,以后注意

opt freq用6-31+G*足够了

好的,明白,谢谢sob老师的解答

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发表于 Post on 2021-1-8 00:18:21 | 只看该作者 Only view this author
帖子标题里别用那么多叹号,显得吓人。给你去掉了,以后注意

opt freq用6-31+G*足够了
单点建议用ma-TZVP
给def2以ma-方式加弥散函数的Gaussian格式的基组定义文件(含所有def2支持的元素)
http://sobereva.com/509http://bbs.keinsci.com/thread-14370-1-1.html

opt freq过程不建议用SMD,而建议用scrf关键词默认的IEFPCM,因为SMD做优化容易因为数值问题难收敛,有虚频。

离子液体+苯酚会有多种结合构型,你自己手摆的最终优化到能量最低构型的几率是较低的。如果你希望结果尽可能有意义、过程尽量严谨,应当做构型搜索,找到最稳定构型,这样RDG分析、结合能才适合说事。构型搜索可以用genmer+molclus,或者xtb跑动力学+molclus轻易实现,参看下文。可以用PM7或者GFN-xTB用于初筛,之后在前述opt freq级别对初筛得到的有希望的结构再进一步refine

使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-7 21:24:53 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-1-7 21:03
需要对复合物做一些构型搜索,以确保找到了最稳定的复合物构型。另外最好加一些显式的水分子。
计算方法方 ...

好的,明白,谢谢您!

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发表于 Post on 2021-1-7 21:03:27 | 只看该作者 Only view this author
需要对复合物做一些构型搜索,以确保找到了最稳定的复合物构型。另外最好加一些显式的水分子。
计算方法方面,def2tzvp比6-311+g(d,p)还要大,把这两个基组调换一下还差不多。另外M062X只能用GD3不能用GD3BJ。
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