计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 8660|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Amber] 求助从轨迹文件中提取RST结构文件无法显示的问题

[复制链接 Copy URL]

99

帖子

0

威望

1303

eV
积分
1402

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
我用cpptraj提取MD轨迹文件中的480-500之间截照RST文件,生成RST文件后,在VMD中,载入top和任一RST文件,却无法显示,不知如何修改?非常感谢。
Info) Using plugin parm7 for structure file EstYZ5-DMP-complex-wat.top
Info) Analyzing structure ...
Info)    Atoms: 32786
Info)    Bonds: 32839
Info)    Angles: 0  Dihedrals: 0  Impropers: 0  Cross-terms: 0
Info)    Bondtypes: 0  Angletypes: 0  Dihedraltypes: 0  Impropertypes: 0
Info)    Residues: 9720
Info)    Waters: 9420
Info)    Segments: 1
Info)    Fragments: 9423   Protein: 1   Nucleic: 0
ERROR) Cannot read file of type rst
ERROR) Loading of startup molecule files aborted.



parm EstYZ5-DMP-complex-wat.top
trajin EstYZ5-DMP_equil-1.nc  
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-480.rst restart onlyframes 480
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-481.rst restart onlyframes 481
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-482.rst restart onlyframes 482
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-483.rst restart onlyframes 483
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-484.rst restart onlyframes 484
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-485.rst restart onlyframes 485
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-486.rst restart onlyframes 486
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-487.rst restart onlyframes 487
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-488.rst restart onlyframes 488
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-489.rst restart onlyframes 489
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-490.rst restart onlyframes 490
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-491.rst restart onlyframes 491
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-492.rst restart onlyframes 492
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-493.rst restart onlyframes 493
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-494.rst restart onlyframes 494
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-495.rst restart onlyframes 495
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-496.rst restart onlyframes 496
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-497.rst restart onlyframes 497
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-498.rst restart onlyframes 498
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-499.rst restart onlyframes 499
trajout  EstYZ5-DMP-wat_equil-500.rst restart onlyframes 500
run
quit

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 00:08 , Processed in 0.163036 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list