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[GROMACS] 求助:gromacs是使用平底势能时效率问题

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本帖最后由 1900 于 2021-1-13 10:17 编辑

我使用平底势能后,并行使用40个核也非常的慢。平时用40个核一天能跑30多ns,现在基本上处于跑不动的状态,跟用一个核差不多。请问这是什么情况啊?多谢多谢

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发表于 Post on 2021-1-15 06:12:26 | 只看该作者 Only view this author
碰到问题首先想到先用最新版本再试
5.1.5已经很老了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-13 11:12:26 | 只看该作者 Only view this author
jimulation 发表于 2021-1-13 11:00
问题可能出在SIMD那行?可以试试编译时加上-DGMX_SIMD=AVX2_256试试

好的,我试试看,多谢多谢

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发表于 Post on 2021-1-13 11:00:57 | 只看该作者 Only view this author
问题可能出在SIMD那行?可以试试编译时加上-DGMX_SIMD=AVX2_256试试

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