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[GROMACS] OPLSAA力场模拟苯,No default proper dih. types 求助

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我想用OPLSAA力场模拟苯的一些性质, 苯的itp和top文件使用MKTOP工具生成的,
但是使用gromacs的grompp命令时,报错说
ERROR 1 [file benzene_HF_Vac_GMX_OPLS.itp, line 118]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 2 [file benzene_HF_Vac_GMX_OPLS.itp, line 119]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 3 [file benzene_HF_Vac_GMX_OPLS.itp, line 120]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 4 [file benzene_HF_Vac_GMX_OPLS.itp, line 121]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 5 [file benzene_HF_Vac_GMX_OPLS.itp, line 122]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 6 [file benzene_HF_Vac_GMX_OPLS.itp, line 123]:
  No default Proper Dih. types

看了一下itp文件里的这6行是苯环的6个非正常二面角,
请问出现这个报错的原因是OPLSAA力场里的ffbonded.itp文件里没有这样的非正常二面角吗?怎么解决呢?
谢谢大家了!

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发表于 Post on 2021-3-4 01:10:49 | 只看该作者 Only view this author
fwan1006 发表于 2021-3-3 13:20
确实是这样哈,谢谢SOB老师。我现在尝试了用MKTOP和ligpargen都生成了异丁烷的拓扑文件,在MKTOP生成的拓 ...

ligpargen毕竟是OPLS-AA作者自己搞的东西,比其它的更可信
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-3 13:20:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 fwan1006 于 2021-3-3 13:25 编辑
sobereva 发表于 2021-3-3 01:34
ffnonbonded.itp里有797及之前的
800多的那是ligpargen额外弄的原子类型,top里面直接给了[atomtypes]的 ...

确实是这样哈,谢谢SOB老师。我现在尝试了用MKTOP和ligpargen都生成了异丁烷的拓扑文件,在MKTOP生成的拓扑文件里,它把所有的C归结为同一原子类型,所有的H也归为同一原子类型,即使是异丁烷中间的那个C明显不同于周围的3个C。   而在ligpargen生成的拓扑文件里,所有的C和H都是不相同的原子类型, 感觉就在两个极端上,请问一下我用哪个会比较好一点呢?  我想模拟体系的密度、粘度、扩散系数这些性质。

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发表于 Post on 2021-3-3 01:34:01 | 只看该作者 Only view this author
fwan1006 发表于 2021-3-2 16:53
SOB老师你好,我尝试用网页上的ligpargen生成了拓扑文件,但是我看它给处的itp文件里原子类型都是在opls_ ...

ffnonbonded.itp里有797及之前的
800多的那是ligpargen额外弄的原子类型,top里面直接给了[atomtypes]的定义
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-2 16:53:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-15 06:15
不推荐使用mktop。尝试用ligpargen
以后问和拓扑文件有关的问题时都把拓扑文件上传,省得别人猜

SOB老师你好,我尝试用网页上的ligpargen生成了拓扑文件,但是我看它给处的itp文件里原子类型都是在opls_800 - 900之间的原子类型, 然后我看oplsaa.ff力场文件里ffnonbonded.itp文件里原子类型是缺少从opls_198 - 899之间的原子类型的,这样还能跑起来吗?

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发表于 Post on 2021-1-23 15:19:47 | 只看该作者 Only view this author
fwan1006 发表于 2021-1-23 11:50
谢谢老师,如果只是单纯的把这些非正常二面角删除掉对模拟结果影响大吗

如果有普通二面角项且势垒足够高,也能维持苯分子的平面性,就不需要improper项。实际跑起来看看便能检验
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-23 11:50:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-15 06:15
不推荐使用mktop。尝试用ligpargen
以后问和拓扑文件有关的问题时都把拓扑文件上传,省得别人猜

谢谢老师,如果只是单纯的把这些非正常二面角删除掉对模拟结果影响大吗

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发表于 Post on 2021-1-15 06:15:56 | 只看该作者 Only view this author
不推荐使用mktop。尝试用ligpargen
以后问和拓扑文件有关的问题时都把拓扑文件上传,省得别人猜
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