求助periodic-molecules的用法

jimulation · 发表于 Post on 2021-1-24 15:11:29

拟构建连续的COF结构。上图中红色是分子本身，黄色是其跨盒子镜像。通过调整盒子大小，使得分子与其镜像的目标基团之间距离为1点几Å，接近键长。
在mdp中设置了periodic-molecules=yes，并施加了位置限制，但NPT预平衡完发现，边界处本该对接的基团发生了扭转，从而偏离整体结构平面，原本1点几Å的距离扩大到3Å以上。
想求助大家的是，对于periodic-molecules=yes的设定，Gromacs是怎么判断跨边界的基团之间有耦合的（比如根据键的阈值）？软件会进行什么操作（比如给判定成键的原子之间施加约束）？
想要模拟无限延伸的结构，除了设置periodic-molecules=yes，还需要其他操作吗？
希望大家指点

tjuptz · 发表于 Post on 2022-1-28 22:36:42

sobereva 发表于 2022-1-28 22:31
是

谢谢社长

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-28 22:31:16

tjuptz 发表于 2022-1-28 22:29
请问老师，手册里说periodic_molecules=yes时会用慢的pbc算法。是不是实际没有跨周期键的时候设置成yes也 ...

是

tjuptz · 发表于 Post on 2022-1-28 22:29:36

sobereva 发表于 2021-1-24 15:34
比如132与185之间有bond项，在计算bond项时，如果用了periodic-molecules=yes，程序会看132与当前盒子里的1 ...

请问老师，手册里说periodic_molecules=yes时会用慢的pbc算法。是不是实际没有跨周期键的时候设置成yes也不会出错，只是速度慢了？

jimulation · 发表于 Post on 2021-1-24 15:46:28

sobereva 发表于 2021-1-24 15:34
比如132与185之间有bond项，在计算bond项时，如果用了periodic-molecules=yes，程序会看132与当前盒子里的1 ...

明白了sob老师，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-24 15:34:15

比如132与185之间有bond项，在计算bond项时，如果用了periodic-molecules=yes，程序会看132与当前盒子里的185近，还是相邻盒子里的185近，谁近就和谁有bond项作用。不涉及阈值问题。

没其它操作

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