NVT系综平衡时跑一段时间就报错，然后就停了

木林森

最近在跑nvt系综时，跑大约100ps就停了，报错：
1 of the 57972 bonded interactions could not be calculated because some atoms involved moved further apart than the multi-body cut-off distance (1.2 nm) or the two-body cut-off distance (1.2 nm), see option -rdd, for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck
有人可以帮忙解决下吗？

这是我用的mdp文件：
title           = NVT simulation
cpp             = /usr/bin/cpp
integrator      = md
dt              = 0.0020 ; ps !
nsteps          = 7500000;

nstxout         = 1000 ; collect data every 2.0 ps
nstvout         = 0
nstfout         = 0
nstlist         = 5
ns_type         = grid
rlist           = 1.2

cutoff-scheme   = Verlet
coulombtype     = PME
rcoulomb        = 1.2
rvdw            = 1.2
pbc             = xyz
DispCorr        = EnerPres
fourierspacing  = 0.50
fourier_nx      = 0
fourier_ny      = 0
fourier_nz      = 0
pme_order       = 4
ewald_rtol      = 1e-5
optimize_fft    = yes

; Berendsen temperature coupling is on in four groups
Tcoupl          = V-rescale
tc_grps         = System
tau_t           = 0.1
ref_t           = 300.0

; Pressure coupling is on
Pcoupl          = no ;parrinello-rahman  
pcoupltype      = isotropic
tau_p           = 0.5
compressibility = 4.5e-5
ref_p           = 1.000

; Generate velocites is on at 300 K.
gen_vel         = no
gen_temp        = 298.0
gen_seed        = 94823

; Constrains of Bonds
constraints      = all-bonds
constraint_algorithm = lincs

; Groups
energygrps      = Flexible Frozen CS CL SOL
; Freeze
freezegrps      = Frozen
freezedim       = Y Y Y

木林森

sobereva 发表于 2021-1-25 20:50
绝对不要用all-bonds，论坛里我强调过多次

没特殊情况别自己改fourierspacing

谢谢sob老师，我再试试

sobereva

绝对不要用all-bonds，论坛里我强调过多次

没特殊情况别自己改fourierspacing

仔细看轨迹，判断是否有异常
如果崩了，仔细检查拓扑文件、初始结构的合理性