求助：charmm-gui产生的膜蛋白体系如何在gromacs中模拟

zinc · 发表于 Post on 2021-1-29 16:23:29

求助：在CHARMM-GUI网站上使用Membrane Builder制作了一个磷脂双分子膜-蛋白-水体系的pdb文件，这个文件应当如何在gromacs中进行下一步处理并模拟呢？

dcfwan · 发表于 Post on 2024-2-27 20:32:23

Eva_Winter 发表于 2021-5-13 14:40
没有平衡的，CHARMM-GUI只是构建模拟的体系，需要后续跑模拟。在gromacs文件夹里面每一步的参数文件都有 ...

老哥，我想模拟一个多肽是否会吸附到细胞膜上，请问怎么设置初始时多肽处于细胞膜的正上方(有一定距离)，并且多肽与细胞膜不接触(最好是多肽最长的方向平行细胞膜)

CHJ2841666311 · 发表于 Post on 2023-9-19 20:28:55

zhaoshu 发表于 2021-5-13 22:11
十分感谢，还想再问一下句如果是想做细胞膜与其他分子的模拟的话，是应该先把细胞膜平衡后再与小分子模拟 ...

你好，请问一下，你是怎么解决的？我现在也遇到这样的问题。

zhuceyu · 发表于 Post on 2022-12-5 11:50:48

gromacs对应文件夹下的README，将他赋予可执行权限，运行他就可以

duomi · 发表于 Post on 2022-11-2 15:26:36

liupeng 发表于 2021-11-15 08:45
楼主是怎么申请charmm-gui的？我总被拒绝

需要用学术邮箱注册

aweqar · 发表于 Post on 2022-6-27 16:47:12

Eva_Winter 发表于 2022-6-24 20:46
interface力场可以与AMBER或者CHARMM力场结合起来用。那你就用charmm或者amber力场来表示蛋白就行了，然 ...

好的谢谢

Eva_Winter · 发表于 Post on 2022-6-24 20:46:23

aweqar 发表于 2022-6-24 19:18
我是想做蛋白和无机晶体的相互作用，请教一下应该用什么呢

interface力场可以与AMBER或者CHARMM力场结合起来用。那你就用charmm或者amber力场来表示蛋白就行了，然后手动改一下两者的拓扑文件将它们结合起来

aweqar · 发表于 Post on 2022-6-24 19:18:35

Eva_Winter 发表于 2022-6-24 19:13
不明白你的意思，charmm36适合模拟蛋白、核酸、磷脂、糖。也不适合模拟晶体表面啊，你为啥要用charmm36? ...

我是想做蛋白和无机晶体的相互作用，请教一下应该用什么呢

Eva_Winter · 发表于 Post on 2022-6-24 19:13:04

aweqar 发表于 2022-6-23 23:46
想问一下，我用charmmgui的nanomaterial建立了一个晶体表面，但是他是基于interfaceff力场的，而我的md需 ...

不明白你的意思，charmm36适合模拟蛋白、核酸、磷脂、糖。也不适合模拟晶体表面啊，你为啥要用charmm36?而且INTERFACE用来模拟无机固体不是正好吗

aweqar · 发表于 Post on 2022-6-23 23:46:40

Eva_Winter 发表于 2021-11-30 11:20
你看README文件开头一句是#！/bin/csh，说明它是个C shell文件，可以用csh README命令执行这个文件，这样 ...

想问一下，我用charmmgui的nanomaterial建立了一个晶体表面，但是他是基于interfaceff力场的，而我的md需要用charmm36，这个该怎么办呢

常乐长乐 · 发表于 Post on 2022-4-20 10:50:49

同问，该怎么处理呢?

Eva_Winter · 发表于 Post on 2021-11-30 11:20:59

YANGCHUANHUI 发表于 2021-11-26 16:36
想请问您一下：

2、之前有说：在gromacs文件夹里面每一步的参数文件都有了。最简单的办法是直接看READ ...

你看README文件开头一句是#！/bin/csh，说明它是个C shell文件，可以用csh README命令执行这个文件，这样文件里写的后续所有的gromacs语句都自动运行。你百度下这个文件的执行就知道啦，这都是Linux下的操作，你需要先熟悉下linux操作

文件向下读就可以看出后续的所有GROMACS运行的语句都写好了，就是gmx grompp以及gmx mdrun那些，直接执行就行了。

YANGCHUANHUI · 发表于 Post on 2021-11-26 16:36:17

Eva_Winter 发表于 2021-5-13 14:40
没有平衡的，CHARMM-GUI只是构建模拟的体系，需要后续跑模拟。在gromacs文件夹里面每一步的参数文件都有 ...

想请问您一下：

2、之前有说：在gromacs文件夹里面每一步的参数文件都有了。最简单的办法是直接看README文件，里面有详细的一步步的能量最小化、NVT、NPT、MD过程；是直接拷贝README文件里面的命令从Minimization开始运行吗

3、更简单的，csh README，请问csh README是什么什么意思，具体怎么操作呀？

YANGCHUANHUI · 发表于 Post on 2021-11-26 16:33:49

Eva_Winter 发表于 2021-5-13 14:40
没有平衡的，CHARMM-GUI只是构建模拟的体系，需要后续跑模拟。在gromacs文件夹里面每一步的参数文件都有 ...

想请问您一下：
1、在CHARMM-GUI网站上使用Membrane Builder制作了一个磷脂双分子膜-蛋白-水体系的pdb文件，这个文件应当如何在gromacs中进行下一步处理并模拟呢？
2、之前有说：在gromacs文件夹里面每一步的参数文件都有了。最简单的办法是直接看README文件，里面有详细的一步步的能量最小化、NVT、NPT、MD过程；是直接拷贝README文件里面的命令从Minimization开始运行吗

3、更简单的，csh README，请问csh README是什么什么意思，具体怎么操作呀？

yefan1996 · 发表于 Post on 2021-11-23 16:45:50

老哥解决了吗

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：charmm-gui产生的膜蛋白体系如何在gromacs中模拟

评分 Rate

浏览过的版块