蛋白质复合物RMSD分析问题求助

若以cherish · 发表于 Post on 2021-1-30 09:49:48

大家好，本人刚入门GMX，小白一枚，想请教下配体的RMSD值在后半部分波动很大，是小分子跑出蛋白体系了么？还是我分析有问题呀，谢谢大家
gmx trjconv -f md.xtc -s md.tpr -o md1.xtc -pbc mol
<System>
gmx rms -s md.tpr -f md1.xtc -o rmsd-protein.xvg
<backbone,backbone>
gmx rms -s md.tpr -f md1.xtc -o rmsd-GAA.xvg
<backbone,GAA>

zjn · 发表于 Post on 2021-4-2 19:53:55

请问解决了吗，是如何解决的

若以cherish · 发表于 Post on 2021-1-30 13:05:30

sobereva 发表于 2021-1-30 12:18
你用fit后的轨迹在VMD里看一眼便知，肯定小分子由于PBC记录原因所致
避免此问题就用-pbc nojump处理轨迹， ...

好的呢谢谢Sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-30 12:18:27

你用fit后的轨迹在VMD里看一眼便知，肯定小分子由于PBC记录原因所致
避免此问题就用-pbc nojump处理轨迹，使得轨迹时不考虑PBC

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[GROMACS] 蛋白质复合物RMSD分析问题求助

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