求助：多肽与蛋白结合体系的gromacs模拟结果

小小萝卜头 · 发表于 Post on 2021-3-9 14:15:45

先将进行单独的动力学模拟后的多肽和同源建模后的蛋白受体进行对接，对接后的结果在进入gromacs进行动力学模拟
将多肽和蛋白复合体当作一个蛋白进行动力学模拟，所得结果如图
发现很多帧都会如图所示产生很大的位置变化，结果正常吗？不正常的是那里可能出错了呢？
烦请指路多肽和蛋白体系的模拟的相关帖子

hugromacs · 发表于 Post on 2025-8-30 00:00:06

student0618 发表于 2025-8-27 23:56
全部都是标准胺基酸的话，当两条链的蛋白，不是同一个。

谢谢回复，处理方式是一样的

hugromacs · 发表于 Post on 2025-8-29 23:59:29

tptp 发表于 2025-8-28 01:21
蛋白-多肽复合物的pdb文件可以直接用gromacs正常处理就可以，gromacs会自动分开这两条链。至于跑完之后如 ...

谢谢，我就是这样处理的，使用了一个gro文件然后按照原子分开的。在计算mmpbsa的时候，会出现bond和1-4EEL,不知道你遇到过没？

tptp · 发表于 Post on 2025-8-28 01:21:17

hugromacs 发表于 2025-8-27 23:51
哥们，你这个对于多肽和蛋白对接之后跑md，整体作为一个蛋白来做，这样合理吗，后期你这个轨迹处理的如何呢

蛋白-多肽复合物的pdb文件可以直接用gromacs正常处理就可以，gromacs会自动分开这两条链。至于跑完之后如何分开这两条链，用gmx make_ndx 的时候有选择语句，a后面加原子序号比如a 1-1000，回车，会把1到1000号原子提出来作为一个新的组。这样你就可以建立两条链各自的组了，注意源自序号是全局的，不是某一个itp文件的。如果你想得到某条链的backbone原子，按照上面的假如已经生成了A链的组，组号是17，那么你就是4和17取交集就能得到新的组了，这个组是A链中符合backbone的原子。以此类推

student0618 · 发表于 Post on 2025-8-27 23:56:02

hugromacs 发表于 2025-8-27 23:51
哥们，你这个对于多肽和蛋白对接之后跑md，整体作为一个蛋白来做，这样合理吗，后期你这个轨迹处理的如何呢

全部都是标准胺基酸的话，当两条链的蛋白，不是同一个。

hugromacs · 发表于 Post on 2025-8-27 23:51:32

哥们，你这个对于多肽和蛋白对接之后跑md，整体作为一个蛋白来做，这样合理吗，后期你这个轨迹处理的如何呢

hugromacs · 发表于 Post on 2025-8-27 23:48:22

小小萝卜头发表于 2021-3-10 08:43
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兄弟，就是多肽与蛋白的动力学模拟，对接之后按照一个蛋白这样处理是合理的是吧？还是按照小分子，这样做呢

小小萝卜头 · 发表于 Post on 2021-3-10 08:43:56

sobereva 发表于 2021-3-10 04:50
轨迹记录层面的问题而已，没什么问题。去除轨迹的周期性就看上去连续了

谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-10 04:50:12

轨迹记录层面的问题而已，没什么问题。去除轨迹的周期性就看上去连续了

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