使用VMD执行自己写的团簇判断脚本时出现问题

芝士栗子小甜饼 · 发表于 Post on 2021-3-16 09:17:50

老师们好，我自己编写了一个用单连接算法判断我体系中的硫原子是否为团簇的脚本，在windows版本VMDTKConsole下执行时，由于算法计算量太大，一直没有执行出来，在网上寻找linux版本的VMD资料，也不是很找得到，所以想询问一下，将VMD安装在linux下是否能够显著的提升其计算能力，以及求一些linux下VMD操作的学习资料。另外附上我自己写的团簇判断脚本，因为没有执行出来所以也不知道是否存在错误，希望得到大家的指导。

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-17 05:52:15

在脚本里插入输出计算进度的语句，省得蒙在鼓里

向往阳光 · 发表于 Post on 2021-3-16 20:41:50

Linux版的安装教程vmd官网上就有，下载Linux版的VMD按照教程安装即可。
据我所知VMD运行tcl好像默认只用一个核？我暂时还不知道除了多线程外怎么提高VMD运行tcl的速度，如果大家知道的话请告诉我。
你里面写了太多的atomselect，如果需要很多atomselect的话，记得用过后delete掉，不然内存会炸（除非你内存巨多。。）。

tjuptz · 发表于 Post on 2021-3-16 20:37:17

lyj714 发表于 2021-3-16 09:59
Tcl语言本身就不是一种高效率语言，所以在linux上用脚本效率不见得高，其次linux的vmd安装十分简单，网上不 ...

把vmd编译为python模块用，在python脚本中import使用，或者直接用vmd的text模式使用tcl脚本，哪个效率会更高呢？

lyj714 · 发表于 Post on 2021-3-16 09:59:44

本帖最后由 lyj714 于 2021-3-16 10:04 编辑

Tcl语言本身就不是一种高效率语言，所以在linux上用脚本效率不见得高，其次linux的vmd安装十分简单，网上不可能难找到。如果计算量大，适当的在脚本中插入一些puts语句进行相应的debug即可。之所以说tcl强大一般主要在于和vmd的结合全面。脚本运行过程中注意看下内存的使用情况，如果脚本语句不合理会导致内存
暴增

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