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[GROMACS] 关于opls-aa力场和gromos力场混用的问题?

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文章描述的是Poly [2, 20-(p-Phenylene)-5, 50-bibenzimidazole 和 poly(2, 5 Benzimidazole) 这两个聚合物熔体在磷酸中的构象变化。两个聚合物选用的力场是opls-aa力场,对其中的二面角参数进行了修改,而磷酸是基于一篇文献,我看文献是基于gromos力场模拟的,我想问下gromos力场和opls-aa力场可以混用吗???

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发表于 Post on 2021-5-12 11:50:04 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-5-11 20:45
老师,我从ATB的网站上面下载了gromos54a7.ff安装包,将镍卟啉信息添加到里面的ions.itp中,如何这个安装 ...

那叫力场包
镍卟啉又不是离子,添加到ions.itp莫名其妙
新分子/残基在rtp里的信息自己手写
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-5-11 20:45:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-11 05:39
搞清楚pdb2gmx的运行机制自然就知道根本不可能这么直接运行pdb2gmx
必须先把镍卟啉残基的拓扑信息自己写 ...

老师,我从ATB的网站上面下载了gromos54a7.ff安装包,将镍卟啉信息添加到里面的ions.itp中,如何这个安装包里面没有找到atomtypes.atp或者rtp文件,是不是我下载有误,请问老师有关于gromos96力场的官网,就是可以都下载全的吗,我搜索了,但是没有找到,辛苦老师了

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发表于 Post on 2021-5-11 10:06:04 | 只看该作者 Only view this author
IamHK 发表于 2021-5-11 08:52
请问卢老师 uff 力场和charm27力场可以混用吗?两个力场的nbfunc  combrule genpairs  fudgelj  fudgeQQ ...

只有charmm没有charm
非键参数原理上不兼容(至少发文章的话容易被质疑,想好怎么回答),成键参数一定程度上可以混用
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发表于 Post on 2021-5-11 08:52:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-10 13:39
本来GROMOS力场就是给生物分子、有机分子用的,不适合过渡金属配合物,对于金属卟啉必须用额外参数,仔细 ...

请问卢老师 uff 力场和charm27力场可以混用吗?两个力场的nbfunc  combrule genpairs  fudgelj  fudgeQQ相同,都为 1 2 yes 1.0 1.0 。谢谢(昨天在qq群里问过,但信息太多,被覆盖了)

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发表于 Post on 2021-5-11 05:40:12 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-5-10 16:55
老师,一篇文章可以使用多个力场吗,比如锌卟啉和镍卟啉用一个力场,如何镁卟啉使用另一个力场,然后将最 ...

看具体情况,参数具体哪来的,哪些类型的参数,用于体系什么部分
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发表于 Post on 2021-5-11 05:39:39 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-5-10 20:49
老师,在一篇文献中找到了镍的相关参数,但是添加到gromos54a7.ff里面的ions.tip文件中,然后使用 gmx_mp ...

搞清楚pdb2gmx的运行机制自然就知道根本不可能这么直接运行pdb2gmx
必须先把镍卟啉残基的拓扑信息自己写到rtp里pdb2gmx才能处理
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发表于 Post on 2021-5-10 20:49:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-10 13:39
本来GROMOS力场就是给生物分子、有机分子用的,不适合过渡金属配合物,对于金属卟啉必须用额外参数,仔细 ...

老师,在一篇文献中找到了镍的相关参数,但是添加到gromos54a7.ff里面的ions.tip文件中,然后使用 gmx_mpi pdb2gmx -f ni.pdb -o fws.gro -water spce进行计算,出现了下面的错误,想请问老师这个情况应该怎么处理,辛苦老师了

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发表于 Post on 2021-5-10 16:55:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-10 13:39
本来GROMOS力场就是给生物分子、有机分子用的,不适合过渡金属配合物,对于金属卟啉必须用额外参数,仔细 ...

老师,一篇文章可以使用多个力场吗,比如锌卟啉和镍卟啉用一个力场,如何镁卟啉使用另一个力场,然后将最终得到的结果进行对比,还是说都需要使用同一种力场才可以?

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发表于 Post on 2021-5-10 13:39:15 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-5-10 10:11
老师,那对于金属卟啉应该选择什么力场,我试了好几种力场都不适合,读文章发现有用GROMOS54A7力场计算金 ...

本来GROMOS力场就是给生物分子、有机分子用的,不适合过渡金属配合物,对于金属卟啉必须用额外参数,仔细阅读几篇含有金属卟啉的MD文章不可能一篇都没交代具体细节。ATB也只是给有机分子用的。
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发表于 Post on 2021-5-10 10:11:10 | 只看该作者 Only view this author

老师,那对于金属卟啉应该选择什么力场,我试了好几种力场都不适合,读文章发现有用GROMOS54A7力场计算金属卟啉,但是镍卟啉刚用ATB提交就出现错误, Atom type 'NI' not currently supported by the ATB.所以想请问一下老师:
1)关于金属卟啉应该选择怎样的力场合适?
2)关于镍卟啉出现的问题应该选择什么工具获得它的top和itp文件?谢谢老师

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发表于 Post on 2021-5-9 03:35:28 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-5-8 21:26
老师,您好,我想请问一下,对于含有过渡金属的锌卟啉和镍卟啉使用Gromacs进行动力学模拟,选择力场时, ...

不能
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发表于 Post on 2021-5-8 21:26:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-19 06:55
直接就可以用OPLS-AA模拟磷酸
这么混用不被审稿人批才怪

老师,您好,我想请问一下,对于含有过渡金属的锌卟啉和镍卟啉使用Gromacs进行动力学模拟,选择力场时,很多不适合,且无法获得分子的top文件,所以看有PCFF力场中含有金属的参数,可以使用该力场吗,但是应该用什么软件获得该力场的top和itp文件?谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-19 15:36:05 | 只看该作者 Only view this author
lyj714 发表于 2021-3-19 10:03
rsc advances这种水货期刊有啥可看的,就算混合规则一样也不能混用,不然也不可能分为多种力场

好的,谢谢,因为它里面提到了一个我想用的分子的力场

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-19 15:35:10 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2021-3-19 12:55
一样也不一定可以混用, 需要看力场参数的具体拟合方式是否相同。 一般力场可以混用的时候会在文章里提到 ...

好的谢谢您

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发表于 Post on 2021-3-19 12:55:45 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2021-3-19 09:04
谢谢您。那我想请问一下,如果两个力场的这个combine rule一样的话就可以混用吗?或者说混用的话,需要注 ...

一样也不一定可以混用, 需要看力场参数的具体拟合方式是否相同。 一般力场可以混用的时候会在文章里提到。
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