求助：MSD计算误差过大

SpongeBob

我通过gromacs msd命令在计算体系中离子的扩散系数过程中出现一些问题：1.选择不同的时间长度计算MSD得到的曲线差距较大，拟合得到的扩散系数差距也较大。根据gmx msd命令，扩散系数的拟合是通过中间的80%区间计算扩散系数，根据曲线形状，明显会存在扩散系数的差距。往往选择长时间范围计算MSD得到的扩散系数更大。
2.哪怕选择相同时间范围5ns，在不同区间计算得到的扩散系数也是差距很大的。
3.通过gmx msd命令得到的误差比较大  D=0.0071±0.0055  误差范围是否过大。
请问如何正确的计算体系的MSD和扩散系数呢？

Tianze

或许可以参考一下：
Saxton MJ. Single-particle tracking: the distribution of diffusion coefficients. Biophysical journal. 1997 Apr 1;72(4):1744-53.

yixiansheng

我也遇到同样的问题，请问最后解决了吗.用的什么方法