公社群聊Q&A整理：2015.10.22 17 ~ 2015.10.24 21

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-11-26 01:37:10

相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html

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2015.10.22 17:45:54
Q:
大事不妙
编译并行AMBER14时。
[zxt amber14]$ sudo make install
[sudo] password for zxt:
cd AmberTools/src && make install
make[1]: Entering directory `/home/zxt/amber14/AmberTools/src'
Starting installation of AmberTools14 MPI at 2015年 10月 23日星期五 01:20:46 CST.
(cd etc && make parallel)
make[2]: Entering directory `/home/zxt/amber14/AmberTools/src/etc'
mpif90 -DBINTRAJ -DEMIL -DMPI -o numprocs numprocs.F90
make[2]: mpif90：命令未找到
make[2]: *** [parallel] 错误 127
make[2]: Leaving directory `/home/zxt/amber14/AmberTools/src/etc'
make[1]: *** [parallel] 错误 2
make[1]: Leaving directory `/home/zxt/amber14/AmberTools/src'
make: *** [install] 错误 2
[zxt amber14]$
[zxt amber14]$ mpicc -show
gcc -I/usr/local/include -pthread -L/usr/local/lib -lmpi -ldl -lm -Wl,--export-dynamic -lrt -lnsl -lutil -lm -ldl
应该是mpi的环境变量没有设置
这里面没有mpi的环境变量吧
装了openmpi,就没必要装mpi吧？
A:
openmpi本来就是MPI的具体一种
Q:
openmpi适用于单节点？
加上
export PATH=$PATH:/usr/local/bin
可以吗？
mpicc
在 /usr/local/bin 里面
我试试
不行，失败，。
[Emoticon]
呵呵，
./configure -cuda gnu
make install
这样安装就可以。
也不行
一大堆错误
我要疯了
难道是我的openmpi版本太高了吗？
另外，下回来的gz文件，用鼠标右键解压，和在终端用tar命令解压，应该是完全一样的吧？
A:
y
Q:
不行
我就郁闷了，在linux下面安装个软件怎么就那么麻烦。
真想把编写linux操作系统的那些人揪出来暴打一顿！
A:
这是磨砺
Q:
终于安装完成了。
简直要人命
真想把编写linux操作系统的那些人揪出来暴打一顿！
A:
你去揍linus torvalds吧
----------------------------------------------------
2015.10.22 22:03:35
Q:
B3LYP/STO-3G TD=(root=3,Nstates=30,50-50) density=rhoci
请教老师一个问题
我用以上关键字B3LYP/STO-3G TD=(root=3,Nstates=30,50-50) density=rhoci
计算了一个结构的激发态，Nstates定义了激发态的数量是30，为什么在我的计算结果中输出了32个激发态呀，Excited State 30: Singlet-A 28.7790 eV 43.08 nm f=0.0938 <S**2>=0.000
2 -> 7 0.70133
Excited State 31: Singlet-A 28.8682 eV 42.95 nm f=0.0967 <S**2>=0.000
2 -> 8 0.69185
2 -> 9 -0.11513
Excited State 32: Singlet-A 32.1421 eV 38.57 nm f=0.1145 <S**2>=0.000
2 -> 8 0.10043
2 -> 9 0.64318
3 -> 7 -0.18500
4 -> 8 0.18401
请问大家遇到过这种问题吗
sob老师在吗
A:
字号用小点！
Q:
好的
我用以上关键字B3LYP/STO-3G TD=(root=3,Nstates=30,50-50) density=rhoci
计算了一个结构的激发态，Nstates定义了激发态的数量是30，为什么在我的计算结果中输出了32个激发态呀，Excited State 30: Singlet-A 28.7790 eV 43.08 nm f=0.0938 <S**2>=0.000
2 -> 7 0.70133
Excited State 31: Singlet-A 28.8682 eV 42.95 nm f=0.0967 <S**2>=0.000
2 -> 8 0.69185
2 -> 9 -0.11513
Excited State 32: Singlet-A 32.1421 eV 38.57 nm f=0.1145 <S**2>=0.000
2 -> 8 0.10043
A:
sto-3g算这个没意义。
Q:
sob老师，我这是在测试用，为了尽快得到结果，所以取了一个简单的机组
A:
你拿个乙醇，B3LYP/6-31G*，能费多少时间
Q:
我这是算了一个甲烷
用STO-3G能跑几分钟吧
sob老师，请问root定义的是什么呀
A:
RTFM
Q:
sob老师，如果再上边的计算中，我想得到第五个激发态的偶极矩，是不是就得把root设置成5呀
A:
y
rhoci得到的激发态偶极矩不可靠
Q:
那应该怎么设置呢
A:
所以不懂的关键词切不可乱加
Q:
sob老师，还是上边那个问题，如果想要得到第几个激发态的density是不是就把root设成几呀
A:
y
----------------------------------------------------
2015.10.23 08:52:49
Q:
[图片]请问，激发态算完了，可是后边出现这样的错误，有影响吗？
A:
甭用TPSS就完了
----------------------------------------------------
2015.10.23 02:11:44
Q:
[图片]
请问我算芳香性时为什么提示找不到输入文件呢？
那我放在其他盘试试
[图片]
还是这个问题
%chk=125.chk
# b3lyp/6-31+g*
b3lyp/cc-pvtz opted
0 1
C -3.19289112 1.62655665 0.00000000
C 2.61578139 -0.97026936 0.00000000
N 3.56563260 0.15164092 0.00000000
H 3.22775695 1.09283168 0.00000000
N -4.14274234 0.50464637 0.00000000
N 4.94327870 -0.09754015 0.00000000
O 5.71659974 0.81586272 0.00000000
O 5.34764828 -1.22395725 0.00000000
O -2.31554676 3.63842120 0.00000000
O 1.73843703 -2.98213391 0.00000000
N 2.90735211 -2.21675006 0.00000000
N 0.67690391 -2.07366140 0.00000000
N -1.25401364 2.72994868 0.00000000
N -3.48446184 2.87303735 0.00000000
C -1.70246829 1.53094240 0.00000000
C 1.12535855 -0.87465511 0.00000000
N -0.90375987 0.29685777 0.00000000
N 0.32665013 0.35942951 0.00000000
H -3.80486670 -0.43654439 0.00000000
N -5.52038844 0.75382747 0.00000000
O -6.32007270 -0.19071414 0.00000000
O -5.93854333 1.91864515 0.00000000
0000
N 0.67690391 -2.07366140 0.00000000
N -1.25401364 2.72994868 0.00000000
N -3.48446184 2.87303735 0.00000000
C -1.70246829 1.53094240 0.00000000
C 1.12535855 -0.87465511 0.00000000
N -0.90375987 0.29685777 0.00000000
N 0.32665013 0.35942951 0.00000000
H -3.80486670 -0.43654439 0.00000000
N -5.52038844 0.75382747 0.00000000
O -6.32007270 -0.19071414 0.00000000
O -5.93854333 1.91864515 0.00000000
%chk=125.chk
# b3lyp/6-31+g*
b3lyp/cc-pvtz opted
0 1
C -3.19289112 1.62655665 0.00000000
C 2.61578139 -0.97026936 0.00000000
N 3.56563260 0.15164092 0.00000000
H 3.22775695 1.09283168 0.00000000
N -4.14274234 0.50464637 0.00000000
N 4.94327870 -0.09754015 0.00000000
O 5.71659974 0.81586272 0.00000000
O 5.34764828 -1.22395725 0.00000000
O -2.31554676 3.63842120 0.00000000
O 1.73843703 -2.98213391 0.00000000
N 2.90735211 -2.21675006 0.0000
输入文件有问题？？
http://emuch.net/html/201312/6821225.html
我是直接参照这个方法的
%chk=./benzene.chk
# b3lyp/6-31+g(d)
b3lyp/cc-pvtz opted
0 1
C 0.00000000 1.39078800 0.00000000
C 1.20445700 0.69539400 0.00000000
C 1.20445700 -0.69539400 0.00000000
C 0.00000000 -1.39078800 0.00000000
C -1.20445700 -0.69539400 0.00000000
C -1.20445700 0.69539400 0.00000000
H 0.00000000 2.47288200 0.00000000
H 2.14157800 1.23644100 0.00000000
H 2.14157800 -1.23644100 0.00000000
H 0.00000000 -2.47288200 0.00000000
H -2.14157800 -1.23644100 0.00000000
H -2.14157800 1.23644100 0.00000000
这是Sob老师的原文件，用这个就可以搞定
还是不行
可否把文件发给您，您帮我看一下？
我也是不懂啊
应该不是，我是直接copy的，有三行呢
从Mut...就导不出新的gif文件
大神应该搞点教学视频什么的，这个文字的好难理解
通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面研究芳香性
用Multiwfn再生成新的输入文件，进行计算，我是这样理解的
我不知道诶，照着Sob老师给的文件确实是能生成一些新的生成文件，然后再进行计算即可
A:
字号不要那么大
理解不能是用户的问题，帖子已经写得足够详细了。看Multiwfn相关的文章要到sobereva.com（点击右侧Multiwfn分类），不要去小木虫，那里的帖子都是老旧的没更新过的（我也早与小木虫决裂了）。Multiwfn相关博文在这里都有汇总：
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
明显是你输入的路径不对才说找不到
Q:
输入路径？？
A:
路径搞不清楚索性就把文件往窗口里直接拖，自动会显示路径
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2015.10.23 08:19:50
Q:
[图片]
A:
又发无意义的图
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2015.10.23 08:52:21
Q:
请教一个问题，水分子的 kinetic diameters 是怎样测定的，我看实验的文章上面这个概念题的比较多！多谢
查过不懂，和分子直径有什么区别吗？在wiki上看了看
A:
直径定义有多种多样。动力学直径可以实验测，也可以做模拟得到，相对来说属于比较表观的量。用各种办法基于分子自身特征算的直径（比如分子范德华表面的最远距离）只能说和它有正相关性。
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2015.10.23 09:03:41
Q:
[图片]老师，这段话里，在分子价层区域是什么意思，老板昨天让我解释一下，结果我没有解释明白
[图片]这段话上面是这个图
我们老板特逗，说哪里不是价层区域，绿色的如果不是，那又是什么？
A:
除了内核和很外围区域，就是价层了。
当前体系，氢原子的1s，重原子的2s、2p轨道主要分布区域就是价层区域。
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2015.10.23 09:25:48
Q:
老师，请教您一个问题。
想计算通过掺杂正三价的原子替代原体系中的二价原子，这样是不是导致出现一些空位缺陷？
如果导致空位缺陷，那么怎么样建立这样的掺杂模型呢？
是不是我的问题比较低级啊？
我是想咨询您，比如用MS建立掺杂模型的话，具体该怎么操作？
没有空位缺陷掺杂模型我会建立。
但是试着建立的空位缺陷模型（就是直接删去之前某些格点上的原子），计算却无法执行，提示结构不合理。
我是想咨询您，比如用MS建立掺杂模型的话，具体该怎么操作？
没有空位缺陷掺杂模型我会建立。
但是试着建立的空位缺陷模型（就是直接删去之前某些格点上的原子），计算却无法执行，提示结构不合理。
A:
别老at老衲，群里2000人呢，谁熟悉、有兴致就回答
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2015.10.23 09:44:24
Q:
老师，二聚碳酸，电荷设为0，多重态应该是1吧。。我算个单体，超快就出来了。二聚体，还这么简单的。就一夜服务器都不行。。好囧。
A:
有分子间相互作用当然难优化得多
Q:
是的，有两个氢键~我为了优化初始构型。我还特意在分子动力学下跑了个初始构型
现在正在用B3LYP
现在的结果，我挨个看了，真的像你说的，二聚的时候，H一会跑羟基，一回儿跑另一个羰，跳来跳去
A:
这种可以再加个maxstep=5,notrust减小步长上限
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2015.10.23 09:54:10
Q:
[图片] 老师您好，TD 计算激发态出现这个情况是哪里设置有问题？谢谢老师
[图片] 这个
A:
别用PBE啊，严重低估激发能
scf=tight是多余的
symm=loose别加
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2015.10.23 09:57:22
Q:
老师，我现在想计算苯酚的C-O键的键能，再算苯基自由基的焓值用了好几种热力学组合方法，CBS-QB3, G4都不收敛，也尝试了很多解决收敛的方法。这是什么原因呢？是苯基自由基本身不稳定吗？
A:
你先自行用DFT算
Q:
DFT计算是能算的，只是计算水平比较低，所以想换个更高水平的，能够得到稍准确一点的结果
A:
图省事可以用这个
自行用CCSD(T)/cc-pVTZ算也一样能算得动，精度足够了
Q:
噢，好的，因为是有一系列的键能，要做横向对比，其他都能用CBS方法计算，就苯基自由基算不了。
A:
看具体原因，不收敛就按老办法解决
可以用aug，但没必要，用诸如jun-def2-TZVP也够了
Q:
sob老师，你能帮我看
一下这个输出文件，不收敛的具体原因吗？
[图片] 嘴角上扬分享文件 10:04:57
"C6H5_G4.out" 下载
A:
高斯没判断出体系实际对称性，先在gv对称化后再算
判断出对称性，既加快速度，收敛也往往更容易
----------------------------------------------------
2015.10.23 09:58:01
Q:
老师，我算的H2SO3+O2+石墨烯体系，用m062x/6-31g**做的优化，做RDG分析时显示对于反应复合物，H2SO3和O2之间有氢键作用，H2SO3\O2与石墨烯表面也存在范德华作用，上次您建议我算单点用m062x/def2TZVP，这种情况单点计算时基组要不要加弥散用def2TZVPD呢？
A:
单点加弥散
----------------------------------------------------
2015.10.23 09:58:35
Q:
[图片]老师，利用Gview看这样的可以吗？
A:
可以
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2015.10.23 10:04:17
Q:
老师，请教一下，对于没有H的体系，用6-311++G(d,p）基组是否合适？gaussian在运行的时候会不会自动不使用加到H上的弥散和极化函数？也就是会默认使用6-311+G(d)?
A:
合不合适看你算什么问题
Q:
那请教一下，对于没有H的体系，用了6-311++G(d,p),可以用于处理什么问题？opt?freq?谢谢~
A:
先明确你要算什么再说
老有人问xx元素用什么基组，用什么基组合适没法光靠元素空谈
----------------------------------------------------
2015.10.23 10:09:39
Q:
好的，那我就用m062x/jun-def2TZVP算单点。老师，弥散函数对结构的影响不大吗？弱作用的体系在opt计算时可以不加弥散吗？
A:
可以不加
但是纯粹的色散作用最好加，如果静电成份显著就完全不需要加
----------------------------------------------------
2015.10.23 10:11:17
Q:
呵呵 SMO分子，M代表过渡金属原子，opt +freq +irc ，其实我是想问的是6-311++G**基组中，第二个+和第二个*应该是加给H的弥散和极化函数，对于没有H的体系，是否合适？谢谢
A:
没有氢就自动忽略了
----------------------------------------------------
2015.10.23 10:14:33
Q:
请问一下，一个反应，我找了两个中间体，第一个过渡态走IRC时正常，指向中间体1和中间体2，但第二个过渡态走IRC的时候，正常应该指向第二个中间体和产物，但却指向了第一个中间体和产物，怎么会出现这种情况呢？
老师，我的那个问题你怎么看
A:
第一个中间体本身就是直接通向产物的，第二个中间体是走其它branch
----------------------------------------------------
2015.10.23 10:23:35
Q:
谢谢老师，又长知识了。最后问您一个小白的问题，在高斯中jun-def2TZVP基组的输入格式，中间要加这个“-”横杠不[Emoticon]，因为我没用过这个类型的基组
A:
没法直接用，用gen自己给def2TZVP加额外的弥散函数，从jun-cc-pVTZ的定义上搞下来弥散部分
----------------------------------------------------
2015.10.23 10:25:09
Q:
b3lyp可以优化激发态吗
比如S1
不加TD
A:
can
Q:
只知道用TD来优化激发态
A:
delta_SCF用不成的时候就必须TDDFT
Q:
老师这个不太懂
deltaSCF没有听过
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
Q:
平时都是 b3lyp/基组 td(nstates=3,root=1)
A:
偏差太大
Q:
老师激发态的过渡态能计算不
A:
能
Q:
平时都是基态的过渡态计算
一般用什么可以算激发态的过渡态啊
A:
g09
Q:
有木有例子教学之类的
我把基态的命令加上td之后算过渡态就会出错的啊
A:
步骤和基态没区别，唯一不同是
[图片]
----------------------------------------------------
2015.10.23 10:29:57
Q:
老师，计算NPA电荷的时候，如果最后的总电荷不是0，该怎么办呢？
A:
换NBO5/6
Q:
老师，我是用高斯计算的
[图片]老师对于这样的NPA电荷计算，在Gview里看的也是这个吗？
总的电荷是0.29可以接受吗？
A:
偏差太大
Q:
老师，那利用高斯怎么样才能计算出偏差不大的NPA电荷呢？
A:
说啦，尝试换NBO5、NBO6
Q:
好的，但是我还没有尝试过NBO5
老师，NBO是计算软件还是分析软件呢？
A:
[图片]
NBO分析资料汇总
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
----------------------------------------------------
2015.10.23 10:53:52
Q:
大神，适合计算化学发表的杂志有哪些？容易接受的？审稿时间不是很长的？
A:
适合理论、计算化学投稿的期刊及其2014年影响因子（2015年公布）
http://sobereva.com/296
----------------------------------------------------
2015.10.23 10:56:57
Q:
老师，NBO里的这些需要设置的参数，比如基组，中心，还有重叠积分要到哪里去找呢？
A:
pop=nboread
末尾空一行写
$NBO archive file=c:\xxx $END
产生.47文件，用NBO5/6执行
.47是NBO的格式，里面有波函数信息，独立版的NBO可以用这个当输入文件进行分析
高斯里的NBO3.1则是NBO直接把数据从内部传到NBO模块。你单独买挂着高斯的NBO5/6也是这样
----------------------------------------------------
2015.10.23 11:08:32
Q:
老师好，请问我在做IRC分析时出现了这种问题，我的命令是#p m062x/6-31g(d) irc=(calcfc,maxpoints=10,LQA)，但是结果只有三个点就结束了，请问是我的过渡态找的不好的原因吗？谢谢[图片]
A:
加大步长
----------------------------------------------------
2015.10.23 11:21:59
Q:
像我们遇到这种问题，是不是可以先观察opt的输出文件，看看能量走势，是平稳还是震荡，平稳的话尝试着加maxstep，震荡的话就用到一些关键字，比如opt=gdiis或者opt=verytight之类的，是么？
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
看末尾的讨论
----------------------------------------------------
2015.10.23 11:22:37
Q:
大家论文中有没有用到MOPAC2012，这个软件有版权问题吗？
A:
无
----------------------------------------------------
2015.10.23 11:30:01
Q:
[图片]，请问诸位英雄，Pt后面的0是什么意思？
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
Q:
0是结束的意思[表情]
A:
赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
http://sobereva.com/188
赝势的函数形式以及在量子化学程序中定义的方式
http://sobereva.com/188
----------------------------------------------------
2015.10.23 12:20:02
Q:
请问sob老师，我这算完以后NICS为什么打不开呢？即使直接把文件[图片]拖进去
A:
把你存着这些文件的目录截个图
不要乱输入，屏幕上都已经提示了该输入什么，仔细理解
Q:
是不是少了NICS?
A:
把NICS0001.out直接拖到窗口里，去掉后面的0001.out然后按回车
Q:
sob老师真是经验丰富，搞定了
A:
明显是你之前输错了
具体来说，是解答问题的经验丰富
----------------------------------------------------
2015.10.23 12:27:02
Q:
[图片]老师，我的IRC为什么过渡态那块曲线那么尖？
A:
结合轨迹分析
就寝去了[Emoticon]
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2015.10.23 19:40:25
Q:
[图片]
为什么会有个洞？？
A:
键太强，电子密度太大，超过0.05被截断了。settings.ini里把RDG_maxrho设更大一些，或者设为0不做截断
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2015.10.23 19:40:25
Q:
有个教程，计算原子电荷，使用了关键词 Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6)
iop(6/33）在IOP手册上没有定义呀。啥意思？
A:
这里就有
Gaussian中有用的IOp一览
http://sobereva.com/93
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2015.10.23 19:40:25
Q:
在debian下怎么装Gaussian09啊？？？
老师，在debian下怎么安装Gaussian？
A:
我不用debian，我鄙视那东西，我现在只用RHEL
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2015.10.23 19:40:25
Q:
大家有谁知道如何生成.47文件？
A:
早上刚说完怎么生成.47
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2015.10.23 19:40:25
Q:
[图片]请问在做电子密度差图的时候，在multiwfn中要输入三个原子定义一个平面，这三个原子的取法有什么要求没有？O(∩_∩)O谢谢
[图片] 这个找平面没有捷径啊，得试
A:
凭直觉啊，三点定义一个平面
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2015.10.23 19:53:21
Q:
各位老师，大家好，我在跑过渡态IRC的时候感觉跑的步数太少了，每次都是5步到7步，关键词是这样，请问是哪里设置有问题呢？# B3LYP/ChkBas guess=read geom=allcheck Int(Grid=75302) IRC(RCFC,internal,maxpoint=100,stepsize=5,forward)。
是不是应该在maxpoint和stepsize里面改？
我看说明书，里面是这样子写的
老师，就是我上面问的，我在跑过渡态IRC的时候感觉跑的步数太少了，每次都是5步到7步，关键词是这样，请问是哪里设置有问题呢？# B3LYP/ChkBas guess=read geom=allcheck Int(Grid=75302) IRC(RCFC,internal,maxpoint=100,stepsize=5,forward)。
就只有5步
请问老师这是怎么回事？
老师，您知道是怎么回事吗？
，是不是应该在maxpoint和stepsize里面改？
，说明书上的我没看懂
就是没得到啊
我先吃饭，等一下回来再请教
我吃饭回来了，继续请教您
他是不是在国外？
哦哦
找过渡态找到快崩溃了
A:
增加TS定位精度（opt=tight, int=ultrafine，甚至calcall），或者增大IRC步长
Q:
[图片]
我的体系寻找IRC用关键词IRC(RCFC,internal,maxpoint=100,stepsize=5,forward)，但是出来的结果只有5步，不是我想要的IRC，想请问是哪个关键词需要改？
iop(1/11=1) opt(ts,calcfc,tight) freq=noraman
A:
noraman是多余的
光写1/11=1（等价于noeigentest）毫无意义！！！！！！！
怎么处理刚才已经告诉过你了
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2015.10.23 20:01:28
Q:
老师，我没有得到啊，就只有.log文件
关键词
[图片]
A:
后头得写$NBO....那些啊
Q:
[图片]
写了
A:
把目录写明了，诸如C:\之类，省得找不到
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2015.10.23 20:07:07
Q:
算小分子的原子电荷，用于分子动力学里的静电作用参数拟合。用什么电荷好呢？MK？AM1-BCC？
小分子带负电荷
A:
"静电作用参数拟合"是什么？
原子电荷就是直接在MD利用的
RESP、AM1-BCC、MK、CHELPG、ADCH、MMFF94、CM系列等对于静电势重现性好的都能用在分子动力学上
Q:
噢，我说错了。
RESP、AM1-BCC、MK 可能这三个最好。
A:
拟合静电势电荷在这里有全面的讨论
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=221
Q:
[图片]是这篇文章吗？
A:
[图片]
Q:
谢
A:
物化学报那篇也是一定要看的
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2015.10.23 20:15:07
Q:
我想计算Ne/He的LJ的参数，为什么我用CCST（D）扫的势能面没有极小值呢
A:
怎么总写错方法名呢
CCSD(T)要么被写成CCSDT，要么...
Q:
不好意思，写错了
A:
什么体系？双原子二聚体？什么基组？
Q:
aug-cc-pvtz
简单的双原子
A:
把势能曲线放大
势阱浅着呢
Q:
我能势能数据上看没有那个极小值点
A:
要么操作不对，要么观看数据方式不对，要么扫描距离没设合适
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2015.10.23 20:23:28
Q:
[图片]服务器上算单点能出现了这样的错误提示
A:
改基组，重算
Q:
嗯嗯老师可是我别的都是用cc-pvtz算的改了就没对比性了
A:
瞎折腾瞎试找对策，要么就找高斯客服
程序本身的问题
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2015.10.23 22:48:21
Q:
请问Gaussian PBC计算出来的DOS图可以用什么软件做？
请问Gaussian PBC计算出来的PDOS图可以用什么软件做？
A:
origin
Q:
数据怎么输出？
A:
看官方的Solid State Calculations Using gaussian-The Definitive Guide to G09 PBC Calculations
不过里面多半讨论、选项在最新的G09 D.01并不适用
Q:
看过了，是不是还需要一个小脚本
是的，上面用的是G09 B.01
A:
新的不行老版本就更不行了
有些选项仅在内部版本中才有
Q:
嗯，那个mkpod命令就是没找到
上面说：
[图片]
后面再加：
[图片]
会得到：[图片]
但是一直实现不了
[图片]
这里面的guscus是什么？
又实现不了，也不知道写[图片]出来干什么的？
倒是Sobereva大神写的东西很详尽，确实容易获益。
A:
这些具体的你得找高斯的人或者写这个文档的人问
算是个半内部的文档
Q:
嗯，我问问，最近写了好几封邮件了，每一封回信的
不知道群里面有用Gaussian中的PBC算过PDOS的没有？
能详细点吗？
好吧，小雷锋
A:
[图片]
就别用高斯就完了
热脸贴凉屁股
Q:
哎，苦啊，折腾两天了都
用PBC计算后，得到了log文件，单数不知道怎样能到的做PDOS的数据
大家谁有用到过Konstantin Kudin's gdos program
您有做过PDOS是吧？
呵呵，刚刚仔细地读了一遍群规章制度，第二条为：发言时严禁使用“好吧”作为句子开头！！！因为容易让问题的回复者有被轻视的感觉。确实不知道，不好意思了
A:
公开版本的高斯输出直接输出不出来PDOS数据，除非按照文章用内部版本加上脚本，否则做不出来
高斯的人不理你，你就别在高斯上白费时间了，本来PBC功能就烂得很
Q:
但是现在用vasp遇到了问题，Si的赝势文件没有s和p，没有d
所以做出来的PDOS分析的时候就不会有d成分了
Si的赝势文件只有s和p，没有d
A:
可以用crystal，和高斯用的基组特征都一样
Q:
这个也能算PDOS?
是免费的吗？
A:
y
否
Q:
有单机版的吗？
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1964
错了
是这个：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1817
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2015.10.23 23:57:58
Q:
[图片]
[图片]
[图片]指的是哪个坐标？
A:
全空间积分的坐标
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2015.10.24 05:20:29
Q:
我知道，我的意思是说，为什么优化的时候能走到那个结构，做irc就不能走过去呢，按说应该可以走到底
A:
[图片]
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2015.10.24 21:10:01
Q:
The NCI analysis shows that the larger interaction energy in TS5RR (-39.80 kcal/mol) is due to the CH-π interaction and other crucial noncovalent interaction. For other crucial noncovalent interactions, further detailed examination is required (NBO analysis etc.).
除了用NCI还能用什么方法分析？
A:
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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2015.10.24 21:10:01
Q:
也就是说在当前目录下（与要转换的文件在同一文件夹内）建一个文本文档把#!/bin/bash
for inf in *.chk
do
formchk ${inf}
done 写进去后保存，然后打开终端执行（即输入刚刚我们讨论的chmod 755 chk2fch.sh
./擦汗k2fch.sh ？？
好吧，谢谢了
A:
本群不许用“好吧”作为句子开头
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2015.10.24 21:10:01
Q:
[图片]
请问如何消除这种周期性边界条件带来的显示问题。网上查过说可以采用dynamic bond，因为需要一些成键显示，所以不想用dynamic bond，请问大家有什么办法吗，谢谢
是周期性边界条件导致的
A:
重新处理轨迹，让分子保持完整，让分子别在盒子边缘被截断
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2015.10.24 21:10:01
Q:
IRC成这样了，该如何解决啊?
[图片]
就是这样了，谢谢各位老师了，请分析一下吧，如何解决
我就是想用便宜一点的方法先算算，然后再用较贵的，提高精度，请问这样可以吗？
老师，那最后还出现了502错误，看着挺好的过渡态，氢转移反应，虚频1442，方向也对啊，怎么还会出现502?
我这个反应应该是H自由基
A:
去掉弥散，HF太烂，基组太小，起码B3LYP/6-31G*。stepsize完全没必要那么小
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