求助：探究羧基和氨基静电吸引的gaussian结构优化问题

高高高小强 · 发表于 Post on 2021-4-7 19:42:36

本帖最后由高高高小强于 2021-4-7 19:44 编辑

各位老师好：                我想探究水溶液中，去质子化的羧基和质子化的氨基之间的静电吸引作用。
   于是我构建了乙酸负离子和苯胺正离子作为代表结构，使用# B3LYP/6-311G** EmpiricalDispersion=GD3BJ opt scrf=SMD进行几何优化。优化后存在以下问题
   1.优化后，为什么苯胺链接的氢和乙酸结合在一起变成了乙酸分子，这样优化后感觉就变成了乙酸分子和苯胺分子间的氢键作用了？
   2.我搜了之前类似的帖子，有老师建议使用显式溶剂化进行计算，但是我没有找到sob老师关于显式溶剂化的总结，不知道要怎么计算？
   3.在进行结合能计算时，是把苯胺和氢算在一起，用gaussview把分离的苯胺和氢再用一个化学键连接起来吗？

输入文件

初始结构

几何优化后的结构

高高高小强 · 发表于 Post on 2021-4-10 10:50:36

sobereva 发表于 2021-4-10 06:10
按照那篇博文里的做法，opt=modredundant，输入文件末尾写上两个原子的序号再加上个F就完了

你这么去 ...

好的，谢谢sob老师，我算一下看看

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-10 06:10:42

高高高小强发表于 2021-4-8 18:37
谢谢sob老师的解答，我还想问一下怎么用限制性优化保持N-H长度？
是像这篇文章中讲的固定N和H的原子坐标 ...

按照那篇博文里的做法，opt=modredundant，输入文件末尾写上两个原子的序号再加上个F就完了

你这么去通过限制让质子不转移过去属于人为的行为，对N-H长度固定的值也没有明确的标准。用单体优化出的键长也可以。

高高高小强 · 发表于 Post on 2021-4-8 18:37:38

sobereva 发表于 2021-4-8 03:18
本来现实中质子转移和不转移就都会有一定比例。也可以用M06-2X/6-311+G**再算算
必须获得质子不转移的结构 ...

谢谢sob老师的解答，我还想问一下怎么用限制性优化保持N-H长度？
是像这篇文章中讲的固定N和H的原子坐标吗？http://sobereva.com/404
还有N和H之间固定的长度如何确定？是先对苯胺阳离子进行几何优化，让后使用优化后的N-H长度吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-8 03:18:47

本来现实中质子转移和不转移就都会有一定比例。也可以用M06-2X/6-311+G**再算算
必须获得质子不转移的结构的话可以用限制性优化保持N-H长度
当前和显式溶剂模型没太直接关系，如果想考察真实动态环境中的情况可以跑水盒子中的从头算动力学

键连关系不影响量子化学计算是最基本常识
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

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