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[GROMACS] 可以用GROMACS模拟两个有机物在一起的挥发过程吗?

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    不知道可不可以用GROMACS模拟两个有机物在一起的挥发过程吗?

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发表于 Post on 2022-8-27 21:00:17 | 只看该作者 Only view this author
请问楼主有成功进行运算和VMD分析吗?VMD脚本能否交流共享,谢谢

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发表于 Post on 2021-6-20 17:43:36 | 只看该作者 Only view this author
蕊蕊花儿杰杰 发表于 2021-6-19 19:57
感谢社长,我查到GROMACS好像不能用来算蒸发焓,像有机小分子的蒸发焓一般都是用什么计算的?

明明能算
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-19 19:57:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-16 12:46
扩散系数和挥发没有必然关系,蒸发焓倒是关系更密切

感谢社长,我查到GROMACS好像不能用来算蒸发焓,像有机小分子的蒸发焓一般都是用什么计算的?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-17 08:44:37 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2021-6-8 21:15
蒸发过程要算溶解自由能,而后通过自由能算出平衡常数和饱和蒸气压。

蒸发过程自由能变化太大的时候,这 ...

好的,非常感谢您的回复。不知道该用该用哪个公式去求饱和蒸气压呀?

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发表于 Post on 2021-6-16 12:46:21 | 只看该作者 Only view this author
蕊蕊花儿杰杰 发表于 2021-6-16 11:26
我是模拟的两个有机物在一起混合,这两个不反应。在300k时由液相到气相的挥发过程,这个相变过程我试着用 ...

扩散系数和挥发没有必然关系,蒸发焓倒是关系更密切
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-16 11:26:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-15 18:23
我不晓得你说的相转变具体对应什么情况
如果是本该相转变但是没出现,考虑温度设高点,加快这个过程

我是模拟的两个有机物在一起混合,这两个不反应。在300k时由液相到气相的挥发过程,这个相变过程我试着用GROMACS跑,实在是太久了。那如果提高温度的话,就与实际情况不符,偏离我要解决的实际问题的意义了。换个思路,我是不是可以直接只模拟在液相中,通过计算两个分子的扩散系数,进而得出他偏离表面的一个运动能力,得出哪个挥发的比较快,不知道可不可以这样理解,感谢老师。

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发表于 Post on 2021-6-15 18:23:08 | 只看该作者 Only view this author
蕊蕊花儿杰杰 发表于 2021-6-8 20:28
社长,我是先用了能量最小化,NPT,然后扩盒子两边加了真空区,NVT,看他的相转变过程。是不是这个相转变 ...

我不晓得你说的相转变具体对应什么情况
如果是本该相转变但是没出现,考虑温度设高点,加快这个过程
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发表于 Post on 2021-6-8 21:15:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 k64_cc 于 2021-6-8 22:58 编辑

蒸发过程要算溶解自由能,而后通过自由能算出平衡常数和饱和蒸气压。

蒸发过程自由能变化太大的时候,这就不是一个能在模拟中观察到的动力学过程。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-8 20:28:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-10 06:24
和模拟混合液体的盒子过程一样,只不过额外扩个真空区就完了,并且不能用控压
之后可以自己写VMD tcl脚本 ...

社长,我是先用了能量最小化,NPT,然后扩盒子两边加了真空区,NVT,看他的相转变过程。是不是这个相转变过程比较久啊,感觉跑了10纳秒多也没啥太大的变化,据说相转变得50纳秒以上才可能会有变化,但那样的话,计算时间比较久啊,感觉到毕业也算不了几个。谢谢社长。

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发表于 Post on 2021-4-10 06:24:31 | 只看该作者 Only view this author
和模拟混合液体的盒子过程一样,只不过额外扩个真空区就完了,并且不能用控压
之后可以自己写VMD tcl脚本统计挥发过程,比如跑到真空区的两类分子的数目随时间变化等等
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发表于 Post on 2021-4-9 10:23:18 | 只看该作者 Only view this author
先常温常压NPT跑平衡,再加一段真空区,NVT跑,看看分子由液相进入气相的过程吧

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-9 09:33:08 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2021-4-9 08:25
模拟相变这么简单?

老师,这个相变过程是不是模拟起来比较复杂,我才刚开始搞科研,而且我想模拟的是两个小分子处于不同比例的一个挥发过程。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-9 09:31:52 | 只看该作者 Only view this author
侧耳倾听 发表于 2021-4-8 20:45
可以啊,建立两个有机物的盒子,在参数文件自己设定温度程序就可以了

你做过类似的吗?

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发表于 Post on 2021-4-9 08:25:20 | 只看该作者 Only view this author
侧耳倾听 发表于 2021-4-8 20:45
可以啊,建立两个有机物的盒子,在参数文件自己设定温度程序就可以了

模拟相变这么简单?

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