天河二号使用Gaussian时CPU核数内存分配问题求助

jackchan · 发表于 Post on 2021-4-13 16:57:44

本帖最后由 jackchan 于 2021-4-14 00:14 编辑

在天河二号超算上做计算，一个节点配置为

2*12 Intel Xeon E5-2692 v2｜64GB内存，软件版本为Gaussian 09: ES64L-G09RevD.01。软件没有设置

Default.Route。

A. 对乙醇分子做优化：(1)使用2个节点共48个核48GB内存，耗时1h51min; （2）CPU核数和内存未进行任何设置，耗时18.7s （输出文件见附件一ethanol.log

附件一ethanol.log (69.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 8) ）; (3) 使用1个节点共12个核24GB内存，耗时18min56(输出文件键附件二ethanol.log

附件二ethanol.log (68.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 4) ）。

B. 对离子液体做优化：我试过用24核/30GB; 24核/16GB; 8核/30GB，但程序以Symmetry not used in FoFCou的方式退出,如图

。只有仅仅设置核数不设置内存数的话gaussian才可运行。

我的问题是：

（1）不是CPU核数越高计算速度越快嘛？这里出现反常现象是什么原因？

（2）关于超算系统内CPU核数和内存应该如何设置？

新手问题过于宽泛。麻烦各位大神解答。

jinnengzhi · 发表于 Post on 2021-6-19 15:16:21

gaussian 跨节点并行效果很烂的

biogon · 发表于 Post on 2021-4-14 17:30:05

doublezhang 发表于 2021-4-14 15:35
天河二号的计时费贵吗，这样的机器买一台只要4000元哦

一毛左右，这么老的机器这价格很不划算

doublezhang · 发表于 Post on 2021-4-14 15:35:36

天河二号的计时费贵吗，这样的机器买一台只要4000元哦

jackchan · 发表于 Post on 2021-4-14 15:03:34

sobereva 发表于 2021-4-14 06:17
即便是g09，12核和16核速度差异也不小
后者更快的前提是两种设定下计算时仅仅相差核数，没有牵扯到其它因 ...

好的，谢谢sob老师

jackchan · 发表于 Post on 2021-4-14 15:02:08

abin 发表于 2021-4-14 09:48
9个原子，都是C H O，B3LYP/6-31G(d) Opt
G09D01

理解了，谢谢您耐心的解答

abin · 发表于 Post on 2021-4-14 09:48:48

9个原子，都是C H O，B3LYP/6-31G(d) Opt
G09D01

%nproc
%mem
均指定，采用的是默认的一个核心和一个内存。
耗时 18.7 seconds

指定为12核心，每一个核心2GB内存。
Walltime应该是 18 minutes 15.6 seconds / 12 = 91s

对你没有看错，核心多，反而更慢。

这么小的体系，用这么多核心，吃饱了撑的？

不信邪啊，要不你找苯环试试，1核心， 12核心， 24核心，看看哪一个耗时更久？

谁告诉你的核心越多越快呀？

比如就5个苹果，你召集100个人来洗，这100人召集来，再送走，最后把苹果拿上来，总体耗时，
可能没有两个人来的快呢。

同样，如果是500个苹果，可能召集100人来洗，的确比一个人要快很多的。

不要瞎搞！

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-14 06:17:33

即便是g09，12核和16核速度差异也不小
后者更快的前提是两种设定下计算时仅仅相差核数，没有牵扯到其它因素的改变
24核/30GB这种设置莫名其妙，内存给得也太抠门了，虽然这大概率不是中途退出的原因

该联系管理员的事问管理员，人家比这里的任何人都清楚他们的超算的情况

jackchan · 发表于 Post on 2021-4-14 00:17:52

abin 发表于 2021-4-13 23:23
不做任何设定，就是系统帮你设定了呀。
我哪里晓得系统上的脚本做了啥？
那玩意儿又不是我写的。

抱歉，这是我的疏忽，我已经重新上传了输出文件

abin · 发表于 Post on 2021-4-13 23:23:29

jackchan 发表于 2021-4-13 22:42
好的，谢谢您，我按照您的建议设置%nporc=12 %mem=24GB，优化乙醇的时间为18min。相比我之前的设置用时要 ...

不做任何设定，就是系统帮你设定了呀。
我哪里晓得系统上的脚本做了啥？
那玩意儿又不是我写的。

几种案列下的输出文件都不提供，
瞎猜呀？

jackchan · 发表于 Post on 2021-4-13 22:42:33

abin 发表于 2021-4-13 19:25
“不是CPU核数越高计算速度越快嘛？这里出现反常现象是什么原因？”

谁说的？

好的，谢谢您，我按照您的建议设置%nporc=12 %mem=24GB，优化乙醇的时间为18min。相比我之前的设置用时要少，但这个时间还是高于不做任何核数和内存设置的时间，请问您觉得这是出于什么原因？有没有核数和内存的最优设置？

jackchan · 发表于 Post on 2021-4-13 22:39:01

biogon 发表于 2021-4-13 17:29
贴输出文件，这样啥都看不出来

已经上传结束文件，麻烦您看一下，之前sob老师说这种问题是因为“程序bug或者和机子软硬环境有兼容性问题“http://bbs.keinsci.com/thread-5533-1-1.html” 但我这个问题仅仅出现在24个原子的体系，而针对乙醇这种小分子则没有问题，请问您觉得是出于什么原因？

abin · 发表于 Post on 2021-4-13 19:25:15

“不是CPU核数越高计算速度越快嘛？这里出现反常现象是什么原因？”

谁说的？
g09, 16core 和 12core，耗时差不多的。
别浪费时间了。

不要使用Default.Route这种设定了。

在input.com设定%nporc=12 %mem=24G

他们的高斯支持Linda吗？不要盲目做多节点运算，会死很惨。

多年前一个师弟，算一个任务，搞了10个节点，跑了一个月都没有结果。
我说你用一台机器试试，结果不到一周就算完了。

biogon · 发表于 Post on 2021-4-13 17:29:13

贴输出文件，这样啥都看不出来

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