求助-gromacs中amber和charmm力场如何转换？

wenshang956 · 发表于 Post on 2021-4-16 10:34:50

gromacs中内置了amber和charmm力场文件，想请问一下他们之间转换的转换规则是什么？比如我在charmm中使用了一组参数，现在想转换到amber力场下，是直接将现有charmm参数添加到amber力场文件下，还是说需要经过一定的转换再添加？

wenshang956 · 发表于 Post on 2021-5-1 19:25:47

好的，谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-21 16:53:44

看原文了解力场函数形式，有相同的可以直接拿过去用，但注意系数、单位问题。对于函数形式不同的项，可以用另一个力场的函数形式拟合这个力场的势函数得到参数
注意AMBER和CHARMM力场的1-4作用处理不同

k64_cc · 发表于 Post on 2021-4-16 14:48:03

不能转换。不同力场参数一般不兼容，你抄过来结果也不对。Amber系列就用GAFF2，CHARMM系列用CGenFF就行了。

ggdh · 发表于 Post on 2021-4-16 14:04:17

parmed了解一下

lyj714 · 发表于 Post on 2021-4-16 11:19:30

想多了吧，这两个力场差别还是挺大的，不能转，就算转了也不对

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[GROMACS] 求助-gromacs中amber和charmm力场如何转换？