请问Pd-C3N4吸附了O2，再吸附NO后生成NO2的结构该怎么搭建？

淼飍

请问一下老师同学们，我最近在用CASTEP优化Pd-C3N4吸附完O2后再吸附NO的结构时，NO摆放多种位置如O2上方、斜上方横向、竖向，优化后的结构仍是NO移动至一个O的一侧1.88埃处。之后想要构建形成NO2的模型，但总是会出现NO2又吸附回Pd和另一个O上的情况，无法使NO2处于单独存在的状态。整个过程截断能选取为550eV，K为3*3*1，加了DFT-D3，没有加自旋极化。想请教一下各位能否提供一些形成NO2这一状态的模型的构建和计算方法？忘老师同学不吝赐教，万分感谢。附件为我fine精度优化完NO吸附的结构文件。图分别为侧视图与俯视图。

淼飍

wzkchem5 发表于 2021-4-27 14:41
也不能说不存在吧。这个就好比你有个氢气分子，把H-H键不管拉多长，都会优化回氢气分子，但你不能说不存 ...

哦哦这样呀，我还没用过CASTEP这么做过，我试试吧，而且貌似是因为可能是共同吸附L-H路径？我之前考虑的不是共同吸附。

wzkchem5

淼飍 发表于 2021-4-27 11:16
哦哦谢谢您回答我的问题，请问您的意思是说NO2与Pd上另一个O的结合不存在能垒嘛？也就是说不存在NO2孤立 ...

也不能说不存在吧。这个就好比你有个氢气分子，把H-H键不管拉多长，都会优化回氢气分子，但你不能说不存在两个氢原子无限远离的结构。
柔性扫描就是把键长逐渐拉长或者缩短，在每个键长下做一个限制性优化。我不知道CASTEP支不支持，应该支持。
如果确实没有能垒，形成NO2就只有总能量变化而没有活化能，总能量变化按照把NO2完全拿掉的体系的能量加上单独算NO2的能量来计算。

淼飍

wzkchem5 发表于 2021-4-27 00:12
这是正常的，说明NO2与基底的结合是无垒过程。
给一个柔性扫描结果证明NO2脱附确实是能量持续走高的过程， ...

哦哦谢谢您回答我的问题，请问您的意思是说NO2与Pd上另一个O的结合不存在能垒嘛？也就是说不存在NO2孤立于基底单独存在的这一状态的结构？我是一个新手刚接触不久，请问柔性扫描是怎么操作的？也就是说柔性扫描结果显示NO2形成到脱附这一过程的能量的绝对值持续变小嘛？还想请问一下我的这个结构目前只有了NO吸附上去的状态，后续的形成二氧化氮的结果怎么表示出来呢？我看其他的文献上有NO2吸附这一状态的结构，还想请老师您能够再教教我，万分感谢。

wzkchem5

这是正常的，说明NO2与基底的结合是无垒过程。
给一个柔性扫描结果证明NO2脱附确实是能量持续走高的过程，然后直接把NO2拿掉，分别算NO2以及剩下部分的能量，就行了。只要能证明NO2确实不需跨过任何势垒就能和Pd结合，就不需要（也不可能）给出NO2脱附但是仍和基底在同一个晶胞里的结构。