求助帖：计算氢键自相关函数发生吐核或内存不够错误的解决

suxiao · 发表于 Post on 2021-5-4 17:30:13

使用GROMACS计算药物、有机溶剂和水三元体系中两两物质的氢键自相关函数和寿命在学校机器上跑会发生段错误吐核，在超算上跑会发生如图所示的内存不够，之前一直尝试重新跑md，改变了步长/总时间/边界条件，仍然发生这样的错误，请求指点！谢谢！

suxiao · 发表于 Post on 2021-5-8 22:40:13

这两张图是使用的命令和新的错误信息，尝试了改变读取轨迹的时间，但是仍然会提示段错误，请问是命令有什么问题吗？

suxiao · 发表于 Post on 2021-5-8 22:37:11

谢谢sob老师，尝试超算上读取轨迹一部分后，又发生了段错误的提示

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-5 00:21:34

在自己机子上装个gmx较新版本做氢键分析
或者尝试超算上用hbonds的时候只读取轨迹的一部分

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