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[GROMACS] 关于晶体模拟的NPT系综求助

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本帖最后由 王采岑 于 2021-5-7 17:07 编辑

看了一篇晶体文章的模拟过程,TPA是周期性的晶体结构,在TPA晶体中间扣出了两个TPA分子,放入一个MADBA,然后做的模拟

有几个问题想要问:
(1)模拟过程先做了NVT预平衡,再用NPT正式模拟。这种在晶体环境下模拟的过程为啥要用NPT系综呢?包括社长在gromacs班里模拟冰时也用了NPT。NPT的意义是什么呢?什么情况下要用NPT呢?(2)如果这个体系,我想做一个周期性的退火来找构型,是否先用NVT在常温下预平衡,再用退火?退火的时候不需要控压?
谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-14 09:02:25 | 只看该作者 Only view this author

好的好的,谢谢社长大人

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发表于 Post on 2021-5-13 07:32:18 | 只看该作者 Only view this author
王采岑 发表于 2021-5-12 15:05
好的社长,那么这个体系可以先做一个常温NPT,看一下误差,如果可以,NPT过程作为预平衡,然后做一个周期 ...

可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-12 15:05:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-12 11:48
退火过程是非平衡过程,应当用berendsen压浴

根本没理由用NVT。而且本来物质都有热膨胀系数,不同温度 ...

好的社长,那么这个体系可以先做一个常温NPT,看一下误差,如果可以,NPT过程作为预平衡,然后做一个周期性退火找构型,用Berendsen压浴,这样可以吗

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发表于 Post on 2021-5-12 11:48:32 | 只看该作者 Only view this author
王采岑 发表于 2021-5-12 09:33
好的社长大人,就是可以先做一个常温的NPT,检查一下力场误差,可以接受,那么做NVT从0到298.15K的单次退 ...

退火过程是非平衡过程,应当用berendsen压浴

根本没理由用NVT。而且本来物质都有热膨胀系数,不同温度下盒子平均体积本来就应该是不同的,做了控压才能自然而然地体现这点。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-12 09:33:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-9 03:54
各种力场都有误差。没有哪个力场在晶胞弛豫后体积恰好和实验完全一致。如果力场本身误差大一些,弛豫后的 ...

好的社长大人,就是可以先做一个常温的NPT,检查一下力场误差,可以接受,那么做NVT从0到298.15K的单次退火作为预平衡,然后做周期性的从298.15K到400K再到298.15K的退火找构型?周期性退火过程中加上parrinello-rahman压浴,这样做可以吗?

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发表于 Post on 2021-5-9 03:54:54 | 只看该作者 Only view this author
王采岑 发表于 2021-5-8 14:04
如果是常温下的NPT,晶体是实验测出来的,还需要调整吗?它自己不是挺合理的。。。

各种力场都有误差。没有哪个力场在晶胞弛豫后体积恰好和实验完全一致。如果力场本身误差大一些,弛豫后的晶胞尺寸和实验有明显差异,那么用实验的晶胞做NVT就相当于有明显的应力,这在理论计算角度反倒有问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-8 14:04:38 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2021-5-8 12:53
我回的是第一个问题……

如果是常温下的NPT,晶体是实验测出来的,还需要调整吗?它自己不是挺合理的。。。

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发表于 Post on 2021-5-8 12:53:23 | 只看该作者 Only view this author
王采岑 发表于 2021-5-8 12:43
就是正式退火模拟的时候吗?NPT可以保证在较高温度下,晶体维持在合理的范围

我回的是第一个问题……

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-8 12:43:30 | 只看该作者 Only view this author
k64_cc 发表于 2021-5-8 10:09
这里的NPT你可以当作调整晶胞参数到合理数值。

就是正式退火模拟的时候吗?NPT可以保证在较高温度下,晶体维持在合理的范围

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发表于 Post on 2021-5-8 10:09:04 | 只看该作者 Only view this author
这里的NPT你可以当作调整晶胞参数到合理数值。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-8 09:31:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-8 02:01
1 没有特殊情况一律用NPT,本来模拟现实问题就应当通过控压维持特定压力,和热浴一个道理

2 可以。如果 ...

明白了,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2021-5-8 02:01:50 | 只看该作者 Only view this author
1 没有特殊情况一律用NPT,本来模拟现实问题就应当通过控压维持特定压力,和热浴一个道理

2 可以。如果用控压时候没发现有严重异常就用控压,这样也才能如实体现出热膨胀效应
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