计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 12237|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Lammps] 有没有人用VMD处理过lammps反应力场分子动力学得到的轨迹?

[复制链接 Copy URL]

66

帖子

0

威望

1087

eV
积分
1153

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
想问下有没有人用VMD处理过lammps反应力场分子动力学得到的轨迹

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2024-11-12 11:04:20 | 只看该作者 Only view this author
被科研狠狠摩擦 发表于 2024-3-4 21:00
你好,这个chemtaryzer怎么运行呢

看自带的说明或者google
我自己不用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2024-11-12 11:04:09 | 只看该作者 Only view this author
懒羊羊当大厨 发表于 2024-11-12 09:22
请问ovito有类似的软件吗?

我拒绝使用ovito
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

5

帖子

0

威望

21

eV
积分
26

Level 2 能力者

9#
发表于 Post on 2024-11-12 09:22:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-12 13:41
Chemical Trajectory Analyzer:https://sourceforge.net/projects/chemtrayzer/。对Lammps的ReaxFF模拟 ...

请问ovito有类似的软件吗?

8

帖子

0

威望

53

eV
积分
61

Level 2 能力者

8#
发表于 Post on 2024-3-4 21:00:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-12 13:41
Chemical Trajectory Analyzer:https://sourceforge.net/projects/chemtrayzer/。对Lammps的ReaxFF模拟 ...

你好,这个chemtaryzer怎么运行呢

66

帖子

0

威望

1087

eV
积分
1153

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-12 15:59:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-12 13:41
Chemical Trajectory Analyzer:https://sourceforge.net/projects/chemtrayzer/。对Lammps的ReaxFF模拟 ...

去看下,谢谢

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2021-5-12 13:41:16 | 只看该作者 Only view this author
fineren 发表于 2021-5-12 08:24
同问,如何分析反应的产物碎片?

Chemical Trajectory Analyzer:https://sourceforge.net/projects/chemtrayzer/。对Lammps的ReaxFF模拟结果进行统计分析
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2021-5-12 13:39:35 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“lammps反应力场的轨迹处理”改了,以后务必注意

有问题直接一次性描述清楚,不要问“有没有...”,更不要等有人接话后才把隐藏的条件交代出来,这样只会白耽误自己和他人的时间
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

125

帖子

0

威望

2268

eV
积分
2393

Level 5 (御坂)

4#
发表于 Post on 2021-5-12 08:24:22 | 只看该作者 Only view this author
同问,如何分析反应的产物碎片?

66

帖子

0

威望

1087

eV
积分
1153

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-11 22:59:52 | 只看该作者 Only view this author
waitingseven 发表于 2021-5-11 20:05
vmd可以处理lammpstrj轨迹文件,file---new molecule---determine file type----lammps trajectory, 也可以 ...

我想处理的是反应力场做的轨迹,有成断键的那种

78

帖子

0

威望

3304

eV
积分
3382

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2021-5-11 20:05:17 | 只看该作者 Only view this author
vmd可以处理lammpstrj轨迹文件,file---new molecule---determine file type----lammps trajectory, 也可以通过Extentions里的Tk console 来load.

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 06:44 , Processed in 0.232782 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list