求助带Zn金属离子的蛋白的分子模拟

lily49 · 发表于 Post on 2021-5-18 18:09:42

一个带+2价Zn的蛋白，Zn离子4配位，其中一个配位是结晶的水中的氧
1，这个O该怎么处理呢？用tleap一处理就把这个O删掉了

2，用MCPB.py处理过，高斯的部分用时太长了，所以是参考Amber Workshop - Tutorial A1 - Section 2: Creating the Non-standard CUA unit (ambermd.org)这个教程做的。
到generate拓扑文件的时候无法生成文件，报错：
For atom: .R<ZN 712>.A<ZN 1> Could not find vdW (or other) parameters for type: ZN
网上说是没有加载ion paraments的文件，请问这个参数文件应该在哪里下载呢？？

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-1 05:14:43

计算小菜鸡发表于 2021-6-29 16:38
你好，我在分子模拟的过程中，Zn离子形成作用的情况下，应该如何构建拓扑，我看力场参数文件中有Zn离子， ...

rtp文件里没有相应的残基当然pdb2gmx会报错，搞清楚pdb2gmx的运行逻辑

具体怎么处理看具体体系，Zn结合在哪。既可以自己编辑rtp文件，让某个残基直接就包含键连的Zn；也可以先不带Zn用pdb2gmx产生拓扑文件之后，再把Zn作为像Ca2+离子那样考虑，但是用[intermolecule_interactoin]字段给Zn和特定的原子加上[bonds]、[angles]等项。用的平衡键长/键角就用量化程序优化的，力常数用forcefit可以得到http://www.keinsci.com/research/forcefit/

计算小菜鸡 · 发表于 Post on 2021-6-29 16:38:31

nianbin 发表于 2021-6-29 16:25
这种做法只适合没有共价键的情况

你好，我在分子模拟的过程中，Zn离子形成作用的情况下，应该如何构建拓扑，我看力场参数文件中有Zn离子，但是gmx pdb2gmx老是报错

nianbin · 发表于 Post on 2021-6-29 16:25:51

webb 发表于 2021-5-19 16:44
amber力场里面不是有Zn离子的参数，gromacs跑的话可以在拓扑文件中添加约束，把锌离子约束住。

这种做法只适合没有共价键的情况

计算小菜鸡 · 发表于 Post on 2021-6-29 15:23:46

webb 发表于 2021-5-19 16:44
amber力场里面不是有Zn离子的参数，gromacs跑的话可以在拓扑文件中添加约束，把锌离子约束住。

你好，能详细说下gromacs跑带有Zn离子的蛋白应该怎么做，刚开始生成蛋白拓扑的时候因为有Zn报错，是不是应该把Zn离子剪出来单独构建拓扑，然后加进去，不懂，希望高人赐教，越详细越好。

webb · 发表于 Post on 2021-5-19 16:44:56

lily49 发表于 2021-5-19 12:14
不是，dpp3带一个zn离子。请问知道怎么添加zn的参数文件嘛？

amber力场里面不是有Zn离子的参数，gromacs跑的话可以在拓扑文件中添加约束，把锌离子约束住。

lily49 · 发表于 Post on 2021-5-19 12:14:14

webb 发表于 2021-5-18 19:58
碳酸酐酶吗？

不是，dpp3带一个zn离子。请问知道怎么添加zn的参数文件嘛？

webb · 发表于 Post on 2021-5-18 19:58:41

碳酸酐酶吗？

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