求助VASP计算吸附能中关于带电体系的问题

yuzj41d · 发表于 Post on 2021-5-23 19:17:34

各位老师好，新手求助。
体系是CoN4-graphene and graphitic N doped graphene吸附PMS

第一遍算的时候没考虑忘记了PMS带电的问题，不同吸附结构算出来吸附能是-2.6~-2.3eV ，反而与文献-2.43eV的结果相近。
然后我用NELECT=38写入PMS的INCAR里，平面没用NELECT时优化出来吸附能竟然是个正值，
随后我又分别用NELECT=516（考虑Co2+）与NELECT=554分别加入面和最终吸附结构的INCAR中。
计算后的吸附能在-0.7~-0.3eV之间。

最后优化的INCAR是这样。
想问一下老师们几个问题：
1：VASP是如何分配带电体系的电荷的，我看之前帖子中又说VASP计算带电体系不甚可靠，但是做出的差分电荷密度不是基于本身电荷分布的吗？
2：我这样算出的结果可靠吗？为什么与文献值相去甚远，还不到-1eV
3: 我还做了对臭氧的吸附，考虑了面的电荷，算出来的也是正值，表示不解。
麻烦各位大佬解惑~先谢过各位老师~

零晨心雨 · 发表于 Post on 2025-6-19 19:02:11

wzkchem5 发表于 2025-6-19 10:54
可以
理想情况下需要靠构型搜索确定离子的位置。但如果由文献或化学常识可以确定氯离子的吸附位点，那么 ...

感谢您的回复！如果加入抗衡离子来计算吸附能，在后续计算时，Eads = EAB-EA-EB 这个公式该怎么用呢？是否为：A是带点离子（Cl离子）+抗衡离子（Na离子），B是吸附剂？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-6-19 10:54:51

零晨心雨发表于 2025-6-19 10:44
老师您好，我的体系吸附的是Cl离子，请问可以添加Na离子进行处理吗？如何放置钠离子与氯离子的位置？

可以
理想情况下需要靠构型搜索确定离子的位置。但如果由文献或化学常识可以确定氯离子的吸附位点，那么也可以不对氯离子做构型搜索，否则需要搜索；钠离子同理

零晨心雨 · 发表于 Post on 2025-6-19 10:50:39

博主您好，请问您最后是如何处理吸附带点离子的问题？

零晨心雨 · 发表于 Post on 2025-6-19 10:44:50

wzkchem5 发表于 2024-4-24 16:54
单独加离子，离子和有机小分子之间的距离不能太近，不要让有机小分子和离子成键（否则就不叫惰性了）。
...

老师您好，我的体系吸附的是Cl离子，请问可以添加Na离子进行处理吗？如何放置钠离子与氯离子的位置？

不吃香菜 · 发表于 Post on 2025-6-5 16:41:44

汪杰发表于 2025-6-4 21:04
后面有老师回答了我这个问题，你可以参考一下

谢谢

汪杰 · 发表于 Post on 2025-6-4 21:04:41

不吃香菜发表于 2025-6-3 20:34
请问有解决吗？遇到了类似的问题。

后面有老师回答了我这个问题，你可以参考一下

不吃香菜 · 发表于 Post on 2025-6-3 20:34:41

汪杰发表于 2025-5-28 22:34
请问一下老师，抗衡离子的加入原则是什么呢？
我的理解是，直接将原子放入远离slab的真空层里面去，但是 ...

请问有解决吗？遇到了类似的问题。

streamlet · 发表于 Post on 2025-5-29 06:48:05

wzkchem5 发表于 2021-5-26 01:52
你研究的是溶液里的吸附吗？如果是的话，加惰性的抗衡离子把电荷配平就行了

老师，想问一下，用vasp算吸附加抗衡离子的情况，是需要使用vaspsol吗？

汪杰 · 发表于 Post on 2025-5-28 22:34:01

wzkchem5 发表于 2025-3-24 12:40
如果要用周期性边界条件程序，中和体系电荷、让体系总电荷为0的优先级是非常高的，即使不管加什么抗衡离 ...

请问一下老师，抗衡离子的加入原则是什么呢？
我的理解是，直接将原子放入远离slab的真空层里面去，但是这样的话，这个原子似乎没法体现离子性质。
或者是放在slab的背面，与slab有作用。
请老师解惑，感谢！

vasp冲冲 · 发表于 Post on 2025-5-7 20:38:26

wzkchem5 发表于 2025-3-24 12:40
如果要用周期性边界条件程序，中和体系电荷、让体系总电荷为0的优先级是非常高的，即使不管加什么抗衡离 ...

大佬有没有相关文献发个一两篇

streamlet · 发表于 Post on 2025-5-7 19:03:16

莫菲特发表于 2025-3-26 15:53
谢谢您，另外我想请教一下，如果添加抗衡离子，是否需要将其固定，因为体系中slab距吸附物质2埃，而抗衡 ...

同问，楼主解决了吗？

莫菲特 · 发表于 Post on 2025-3-26 15:53:20

wzkchem5 发表于 2025-3-24 12:40
如果要用周期性边界条件程序，中和体系电荷、让体系总电荷为0的优先级是非常高的，即使不管加什么抗衡离 ...

谢谢您，另外我想请教一下，如果添加抗衡离子，是否需要将其固定，因为体系中slab距吸附物质2埃，而抗衡离子距吸附物4埃，但是通过CONTCAR发现添加的抗衡离子与吸附物还有不断靠近趋势，应该加大距离或者说将其固定？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-3-24 12:40:28

莫菲特发表于 2025-3-24 09:37
请问如果不是有机小分子，而是含氧酸根这类的，能否按您说的添加惰性抗衡离子

如果要用周期性边界条件程序，中和体系电荷、让体系总电荷为0的优先级是非常高的，即使不管加什么抗衡离子都会和体系已有的离子配位，也不能不加抗衡离子

莫菲特 · 发表于 Post on 2025-3-24 09:37:42

wzkchem5 发表于 2024-4-24 16:54
单独加离子，离子和有机小分子之间的距离不能太近，不要让有机小分子和离子成键（否则就不叫惰性了）。
...

请问如果不是有机小分子，而是含氧酸根这类的，能否按您说的添加惰性抗衡离子

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