求助：用alchemical_analysis计算联苯的溶剂化自由能得到诡异的重叠分布图该如何改进

活性炭

如题，我的自由能计算参数设置如下：
free-energy              = yes
couple-moltype           = BIP
couple-lambda0           = none
couple-lambda1           = vdw-q
couple-intramol          = no
separate-dhdl-file       = yes
sc-alpha                 = 0.5
sc-power                 = 1
sc-sigma                 = 0.3
init-lambda-state        = $LAMBDA$
coul-lambdas             = 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 0.45 0.50 0.55 0.60 0.65 0.70 0.75 0.80 0.85 0.90 0.95 1.00
vdw-lambdas              = 0.00 0.05 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30 0.35 0.40 0.45 0.50 0.55 0.60 0.65 0.70 0.75 0.80 0.85 0.90 0.95 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00
nstdhdl                  = 100
calc-lambda-neighbors    = -1

用alchemical_analysis分析得到采样窗口的重叠分布图和相应的重叠矩阵如下，这样的采样窗口该如何改进

Jeffrey0521

您好，想问下有解决吗？我看到有人说增加窗口，有人说减少窗口，我不知道该怎么搞了

活性炭

王家小姐 发表于 2022-5-16 16:59
您好，我判断的标准是对角线面积很大，可以减少些窗口，我是隔一个减少一个

好的，谢谢回复！

王家小姐

活性炭 发表于 2022-3-14 16:04
请问，如何判断哪些个窗口应该减少呢？

您好，我判断的标准是对角线面积很大，可以减少些窗口，我是隔一个减少一个

活性炭

王家小姐 发表于 2022-2-28 18:32
我计算的时候也遇到过这种情况，是因为所取的窗口太密集了，减少几个窗口应该可以解决这个问题

请问，如何判断哪些个窗口应该减少呢？

王家小姐

我计算的时候也遇到过这种情况，是因为所取的窗口太密集了，减少几个窗口应该可以解决这个问题