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本帖最后由 冷血 于 2021-7-28 15:35 编辑
请问各位老师,我在走amber tutorial的AMBER Advanced Tutorial 17 - Umbrella Sampling Example : Section 2 (ambermd.org)例子时,发现这样一个问题,参数设置全是copy的教程,自己计算得到的dihedral_120.dat全是0,部分结果如下所示,但是 ambpdb -p ala_tri.prmtop -c ala_tri_prod_120.rst > ala_tri_120.pdb获得的ala_tri_120.pdb与起始的pdb中,(9,15,17,19)组成的二面角的确出现了60°/120°偏移,请问这是为啥呢?(已解决)
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