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[新手求助] 底物分子糖分子与溶剂DMSO之间氢键的作用

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如果研究底物分子糖分子与溶剂DMSO之间的作用,应该是溶剂包合作用?我认为就是氢键作用,想问是否可以通过气相和溶剂化(CPCM,DMSO)的能量作对比,如果溶剂化计算比气相稳定了,能不能说明他们之间有相互?或者能否有其他更好的方法研究这两个物质的相互作用?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-10 08:25:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-9 22:18

可以。溶质周围画一层DMSO即可,但需要考虑各种排布方式。

好的,谢谢老师,我研究一下

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发表于 Post on 2015-12-9 22:18:25 | 只看该作者 Only view this author
icc-jly 发表于 2015-12-9 20:27
老师,您说的隐式溶剂模型,是不是就是考虑CPCM的溶剂化计算吉布斯自由能,然后与气相的自由能只差?
还 ...



可以。溶质周围画一层DMSO即可,但需要考虑各种排布方式。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-12-9 20:27:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-9 18:36
相互作用肯定是有的。
研究可以从不同角度,最简单的就是用隐式溶剂模型表现DMSO,计算溶解自由能。更复杂 ...

老师,您说的隐式溶剂模型,是不是就是考虑CPCM的溶剂化计算吉布斯自由能,然后与气相的自由能只差?
还有您说的显式溶剂模型,用高斯也是可以计算的吗?

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发表于 Post on 2015-12-9 18:36:38 | 只看该作者 Only view this author
相互作用肯定是有的。
研究可以从不同角度,最简单的就是用隐式溶剂模型表现DMSO,计算溶解自由能。更复杂点就是用显式溶剂模型表现DMSO的第一溶剂化层,考察与糖分子的弱相互作用,可以结合RDG、AIM、能量分解等方式方法考察。更全面地研究就是做动力学模拟,考察糖分子附近DMSO的统计分布,可以结合aRDG方法考察,见《使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用》(http://sobereva.com/186
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