使用Cygwin编译适用于Windows版本的amber18（含有xleap）

Chris——szk · 发表于 Post on 2021-6-1 20:12:17

自己在最近兴趣来了就尝试着使用Cygwin编译了amber18，主要的问题应该还是在nab，mmpbsa.py，pdb4amber这三个模块上有点问题，编译不出来，综合了各个版本，发现了amber18最适用于现在最新版本的Cygwin64，其余版本的ambertools会存在一些bug不太好解决，个人感觉mmpbsa.py,如果对计算要求不高的话可以尝试使用g_mmpbsa的，在使用xleap的模块的时候，需要先startxwin，在打开XTerm的终端，输入xleap,才会有界面显示，包括了几个dll文件需要手动复制到你的amber18/bin这一个目录之下，前提安装好libXt之后就不需要输入-noX11了，之后就是先安装python，在configure的路径之中添加自己的python路径，我自己的是:./configure --with-python /usr/bin/python gnu,接下来就是编译的过程，类似于boost和zlib等的库都需要自己安装，其余的问题都很细小杂碎，但是都可以解决，在这里放上一个自己的编译完成好的文件，大家可以试试看吧，具体的运行速率方面暂时还未做测试，如果说的哪里不合适，还请各位大佬指正

大村驴 · 发表于 Post on 2024-11-2 14:47:14

解决了，原来是我加的环境变量“/”写成“\”了

大村驴 · 发表于 Post on 2024-10-21 20:14:43

student0618 发表于 2024-10-21 17:51
我自己直接在笔记本电脑WSL 的Ubuntu编译，用了几年都没问题。(主要用来建模的，MD放linux的机器跑)

我试试

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-21 17:51:58

本帖最后由 student0618 于 2024-10-21 17:56 编辑

我自己直接在笔记本电脑WSL 的Ubuntu编译，用了几年都没问题。(主要用来建模的，MD放linux的机器跑)

大村驴 · 发表于 Post on 2024-10-21 17:34:57

链接失效了，能否麻烦补一下呢~
另外请问大佬是否尝试过不用cygwin，直接原生编译？我用之前的amber16的cygwin版本的时候，如果用其他语言的源码调用antechamber，会出现无法识别bondtype命令的问题（在PATH里），而直接命令行使用bondtype是能用的。我经过排查之后怀疑极大可能是cygwin在二级调用时候无法识别反斜杠的问题，所以想看看原生编译能不能解决。

Chris——szk · 发表于 Post on 2021-6-2 12:00:01

非常的不好意思，上次没有放上链接应该是可以使用的，在cygwin64的环境下应该要安装上Cygwin64-X,使用X-Term之后才可以使用gedit和xleap等工具模块，其中在使用xleap的时候应该要装上一系列的dll文件，都在amber18/bin里这个目录里可以找到

链接：https://pan.baidu.com/s/1k_ea28bAwF_Oyjgb2t-AmQ

提取码：v1uv

Chris——szk · 发表于 Post on 2021-6-2 11:59:23

sobereva 发表于 2021-6-2 05:40
没看到你提供的可执行文件

好的好的，谢谢sob老师提醒，非常抱歉忘记放上了链接

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-2 05:40:57

没看到你提供的可执行文件

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Amber] 使用Cygwin编译适用于Windows版本的amber18（含有xleap）

评分 Rate

浏览过的版块