计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 14418|回复 Reply: 13
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:opc力场文件在不同力场中是否能通用

[复制链接 Copy URL]

234

帖子

0

威望

896

eV
积分
1130

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
卢老师,请问您提供的用于Amber力场的opc.itp能否直接用于opls力场呢?如果不能,用于opls力场的这个水模型如何获取呢?

opc3.png (44.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

opc3.png

54

帖子

0

威望

253

eV
积分
307

Level 3 能力者

14#
发表于 Post on 2024-12-5 20:52:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-5 20:44
通常都是用刚性的OPC3水,、[angles]项本来就是多余的,原文里也根本没定义相应力常数

好的,谢谢sob老师,故此处我任选一种都可以,不影响模拟。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2024-12-5 20:44:03 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2024-12-5 19:41
sob老师,你好我看到论坛上有人分享OPC3.itp和贴主的有些不同,其[ bonds ]一栏分别为345000和502416,我 ...

通常都是用刚性的OPC3水,[bonds]、[angles]项本来就是多余的,原文里也根本没定义相应力常数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

54

帖子

0

威望

253

eV
积分
307

Level 3 能力者

12#
发表于 Post on 2024-12-5 19:41:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xishaofan 于 2024-12-5 19:44 编辑
sobereva 发表于 2021-6-3 07:22
原理上可以(当然,得相应地改力场文件)

不过若无特殊必要,我并不推荐用OPLS-AA,原子类型定义得乱糟 ...

sob老师,你好我看到论坛上有人分享OPC3.itp和贴主的有些不同,其[ bonds ]一栏分别为345000和502416,我是用gaff2力场对油水表面活性剂体系进行模拟,请问我以哪儿为准?或者sob可以分享一下吗?谢谢sob老师!
[ moleculetype ]
; molname        nrexcl
SOL                2

[ atoms ]
; id  at type     res nr  res name  at name  cg nr  charge    mass
  1   OW_opc3      1       SOL       OW       1     -0.89517    15.99940
  2   HW_opc3      1       SOL       HW1      1      0.447585    1.00800
  3   HW_opc3      1       SOL       HW2      1      0.447585    1.00800

#ifndef FLEXIBLE

[ settles ]
; OW        funct        doh        dhh
1       1       0.097888     0.159849

[ exclusions ]
1        2        3
2        1        3
3        1        2

#else

[ bonds ]
; i     j       funct   length  force.c.
1       2       1       0.097888     502416.0  0.097888     502416.0
1       3       1       0.097888     502416.0  0.097888     502416.0

[ angles ]
; i     j       k       funct   angle   force.c.
2       1       3       1       109.47  628.02     109.47  628.02

#endif

22

帖子

0

威望

597

eV
积分
619

Level 4 (黑子)

11#
发表于 Post on 2023-1-5 12:21:55 | 只看该作者 Only view this author
请教一下,opc水的问题。
报错如下。。。
Non-default thread affinity set probably by the OpenMP library,
disabling internal thread affinity

-------------------------------------------------------
Program:     gmx mdrun, version 2020.6-MODIFIED
Source file: src\gromacs\mdlib\settle.cpp (line 194)

Fatal error:
The [molecules] section of your topology specifies more than one block of
a [moleculetype] with a [settles] block. Only one such is allowed.
If you are trying to partition your solvent into different *groups*
(e.g. for freezing, T-coupling, etc.), you are using the wrong approach. Index
files specify groups. Otherwise, you may wish to change the least-used
block of molecules with SETTLE constraints into 3 normal constraints.

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
求溶剂化自由能,settle报错,请问有人会opc水的这个怎么改吗?

topol.top

2.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

234

帖子

0

威望

896

eV
积分
1130

Level 4 (黑子)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-4 09:34:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-4 09:19
你又不是把Amber和OPLS-AA混用

OPC又不是和Amber绑定的

原来是这样,我还以为opc是用amber力场拟合的规则来拟合的,所以只和amber力场最兼容!谢谢卢老师!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2021-6-4 09:21:07 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2021-6-4 09:15
卢老师,是不是就直接把这部分参数复制在opls力场的ffnonbond里,然后opc.itp就直接在top里面include就行 ...

just try
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2021-6-4 09:19:45 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2021-6-4 08:22
操作和在amber力场中一样就可以了对吧?不需要改任何参数的数值对吗?我是怕这两个力场的comb-rule不一样 ...

你又不是把Amber和OPLS-AA混用

OPC又不是和Amber绑定的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

234

帖子

0

威望

896

eV
积分
1130

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-4 09:15:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-4 05:58
我在.itp一开头的注释里写了,需要在ffnonbonded.itp里添加原子类型。OPLS同理
搞清楚gromacs拓扑文件的 ...

卢老师,是不是就直接把这部分参数复制在opls力场的ffnonbond里,然后opc.itp就直接在top里面include就行了,不用改变任何参数的数值?

opc.png (56.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

opc.png

234

帖子

0

威望

896

eV
积分
1130

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-4 08:22:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-4 05:58
我在.itp一开头的注释里写了,需要在ffnonbonded.itp里添加原子类型。OPLS同理
搞清楚gromacs拓扑文件的 ...

操作和在amber力场中一样就可以了对吧?不需要改任何参数的数值对吗?我是怕这两个力场的comb-rule不一样导致不兼容~

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2021-6-4 05:58:10 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2021-6-3 08:54
卢老师,请问应该如何修改力场文件呢?opls也是定义sigma和epsilon呀?

我在.itp一开头的注释里写了,需要在ffnonbonded.itp里添加原子类型。OPLS同理
搞清楚gromacs拓扑文件的基本规则自然就明白
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

346

帖子

2

威望

4647

eV
积分
5033

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2021-6-3 08:59:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-3 07:22
原理上可以(当然,得相应地改力场文件)

不过若无特殊必要,我并不推荐用OPLS-AA,原子类型定义得乱糟 ...

可否举个例子?

234

帖子

0

威望

896

eV
积分
1130

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-3 08:54:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-3 07:22
原理上可以(当然,得相应地改力场文件)

不过若无特殊必要,我并不推荐用OPLS-AA,原子类型定义得乱糟 ...

卢老师,请问应该如何修改力场文件呢?opls也是定义sigma和epsilon呀?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2021-6-3 07:22:43 | 只看该作者 Only view this author
原理上可以(当然,得相应地改力场文件)

不过若无特殊必要,我并不推荐用OPLS-AA,原子类型定义得乱糟糟的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 07:03 , Processed in 0.169256 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list