求助：MD过程甲基中的H原子移动过远

SpongeBob · 发表于 Post on 2021-6-4 16:24:19

本帖最后由 SpongeBob 于 2021-6-4 16:27 编辑

我在用CP2K对团簇体系进行MD模拟时，甲基的其中一个H原子游离的特别远。这是用Multiwfn生成的inp文件，请问是因为设置的问题吗？

cp2k.inp (8.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-15 18:47:36

SpongeBob 发表于 2021-6-7 19:39
老师你好，我想请问一下xTB跑完MD能不能计算出原子电荷呢？还是只能跑完通过其他方法进行单点计算？

需要再算个单点

SpongeBob · 发表于 Post on 2021-6-7 19:39:05

sobereva 发表于 2021-6-7 08:41
你当前是跑GFN-xTB，没有理由用ORCA，直接用xtb跑不就完了

老师你好，我想请问一下xTB跑完MD能不能计算出原子电荷呢？还是只能跑完通过其他方法进行单点计算？

SpongeBob · 发表于 Post on 2021-6-7 11:06:04

sobereva 发表于 2021-6-7 08:41
你当前是跑GFN-xTB，没有理由用ORCA，直接用xtb跑不就完了

好的谢谢老师我尝试下

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-7 08:41:27

SpongeBob 发表于 2021-6-6 21:57
谢谢sob老师，我想请问一下后面运行的体系会有更多的原子，大约为200，ORCA能否运算的动呢？（36核）

你当前是跑GFN-xTB，没有理由用ORCA，直接用xtb跑不就完了

SpongeBob · 发表于 Post on 2021-6-6 21:57:20

sobereva 发表于 2021-6-6 07:06
这种体系最好用ORCA跑，比CP2K效率明显更高
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.co ...

谢谢sob老师，我想请问一下后面运行的体系会有更多的原子，大约为200，ORCA能否运算的动呢？（36核）

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-6 07:06:57

这种体系最好用ORCA跑，比CP2K效率明显更高
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

如果你就是要用GFN-xTB级别跑，远不如直接用xtb来跑，速度快两个数量级，这里有简单例子
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）

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