trr文件提取某个时刻构型求助

khu910 · 发表于 Post on 2021-6-7 20:33:33

通过for循环从trr文件提取每个时刻的构型，程序如下，提取出来的都是零时刻的构型，可能是因为以下程序算出来的$j等于零，应该怎么更改呢？
for((i=1;i<3;i++))
do
j=$[i*2/100]
k=$[i*1]
trjconv_mpi_d -f trp-ex.trr -s ex.tpr -o trp-ex-"$j".gro -dump "$k" <choose6.txt

khu910 · 发表于 Post on 2021-6-7 21:28:41

snljty 发表于 2021-6-7 21:06
我怎么感觉这么搞文件被读了n编...我觉得应该是一次dump成多帧gro文件然后再切割成多个文件。

以前提取的时候都是整数就可以提出来

khu910 · 发表于 Post on 2021-6-7 21:27:36

lyj714 发表于 2021-6-7 21:05
trjconv -f -s -sep -o conf.gro
即可得到轨迹中每一帧的conf*.gro一系列结构文件，第一帧为conf0.gro，依 ...

好的，谢谢，我先试一下

snljty · 发表于 Post on 2021-6-7 21:06:22

我怎么感觉这么搞文件被读了n编...我觉得应该是一次dump成多帧gro文件然后再切割成多个文件。

lyj714 · 发表于 Post on 2021-6-7 21:05:18

本帖最后由 lyj714 于 2021-6-7 21:19 编辑

trjconv -f -s -sep -o conf.gro
即可得到轨迹中每一帧的conf*.gro一系列结构文件，第一帧为conf0.gro，依次类推。同时结合-skip选项可以提出每间隔多少帧的输出。
你的问题： bash默认不直接支持浮点除法，你可以用bc或者awk

j=`awk -v i=$i ' BEGIN {print i*2/100} '`

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[GROMACS] trr文件提取某个时刻构型求助

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